pengziyu @pengziyu

尊敬的各位同学，大家晚上好！ 我是朱维良课题组的彭紫玉。今天，我非常荣幸能够在这里竞选发展对象。这不仅是一次思想的升华，更是一次初心的坚定。我深知，成为一名共产党员意味着更高的标准和更大的责任，我愿意接受党组织的考验，不断锤炼自己，努力成长为一名真正合格的共产党员。 中国共产党是伟大事业的引领者，是实现中华民族伟大复兴的核心力量。党的二十大报告提出，要以中国式现代化推进中华民族伟大复兴。作为新时代

第一步：在pdb蛋白库中选择适合体系的蛋白质晶体结构 第二步：将晶体结构中的小分子扣出，和蛋白进行对接，如果小分子的构象和原来的晶体结构里的构象相差不大（一般默认rmsd<0.2）,那么我们认为可以用该模型去做对接实验 第三步：打开薛定谔Glide模块去对接 3.1小分子配体的优化：输入小分子配体结构（sdf或mol2格式），选择力场，设置pH值（7.4）进行优化 3.2蛋白准备：导入蛋白结构

http://go.simm.ac.cn/wifi http://172.21.10.88:8080/portal/templatePage/20210706125039542/login_custom.jsp

https://cloud.tencent.com/developer/article/1793665

import parmed as pmd def amber_to_gmx(prmtop_file, inpcrd_file, top_file, gro_file): """ Convert AMBER parameter and coordinate files to GROMACS format. Parameters: prmtop_file (str)

最好单独建一个文件夹，会输出很多文件 nohup mpirun -np 16 MMPBSA.py.MPI -O -i mmgbsa.in -o mmgbsa.dat -cp native.prmtop -rp pro.prmtop -lp lig.prmtop -y dry-align.xtc -eo mmgbsa.csv & awk -F ' ' '$28<-1 {print}' FIN

conda activate ambertools tleap source leaprc.protein.ff19SB source leaprc.phosaa10 source leaprc.gaff2 source leaprc.water.opc loadamberparams /home/lywu/pengziyu/0103/t28-2/lig_4zy4-t

在mdp文件中 dt=a 这意味着每一步模拟的时间为a ps（皮秒）。 nsteps=b 总步数为b步，模拟时间为 a b ns（通过 nsteps dt 计算） dt=0.002: 这意味着每一步模拟的时间为 0.002 ps（皮秒）。 nsteps=100000000: 总步数为 100,000,000 步，模拟时间为 200 ns（通过 nsteps dt 计算）