pengziyu @pengziyu

# 22224 # 172.21.85.24 # 使用薛定谔优化结构（图形化界面操作） # pH = 8.0，手性从3D结构定（晶体结构），力场为2017版的默认力场OPLS3 conda activate ambertools # 高斯优化 # 注意检查体系的电荷和自选多重度(eg.将T3的gjf电荷0 1改为1 1) antechamber -i lig.sdf -fi

#- o 参数文件可以使用第一帧蛋白ref.pdb，也可使用md.tpr,md.gro #-pbc参数文件可以使用mol gmx_mpi make_ndx -f ../md.gro -o index.ndx echo 19|gmx_mpi trjconv -s ../md.tpr -f ../md.xtc -n index.ndx -o ref.pdb -pbc mol -ur compac

配体准备 # 22224 # 172.21.85.24 # 使用薛定谔优化结构（图形化界面操作） # pH = 8.0，手性从3D结构定（晶体结构），力场为2017版的默认力场OPLS3 conda activate ambertools # 高斯优化 # 注意检查体系的电荷和自选多重度(eg.将T3的gjf电荷0 1改为1 1) antechamber -i lig.s

1、轨迹进行对齐、修复和分析 cd md/analysis gmx_mpi trjconv -f 1/md.xtc -s 1/md.tpr -n ../pre-equ_5xvg-t28/index.ndx -o dry.xtc -pbc mol -ur compac (处理分子动力学模拟后的轨迹数据，去除或修复由于周期性边界条件造成的分子断裂，并且可能会用来去除溶剂或其他不需要的分子（如

Linux 脚本是怎么找到解释器的？ 当执行一个脚本（比如 pdb2pqr30）时，系统会先看这个脚本文件的 第一行，也就是所谓的 shebang 行（以 #! 开头）。 比如： #!/usr/bin/python3 这就告诉系统： 这个脚本要用 /usr/bin/python3 来解释执行。 如果第一行写的是： #!/home/lywu/anaconda3/envs/pdb2pqr/bin/

小激酶谱预测（85.13） 85.13 D3Docking： 85.13： "/home/zjxu/pengziyu/250516-t24nohup/" 按照DockingScore排序，PAK1排名第103/150，PAK4排名第122/150 按照2D Similarity排序，PAK1 53/150, PAK4 146/150 按照3D Similarity排序，PAK1 30/15

85.24 antechamber -i docking_4zy4-t28.sdf -fi sdf -o lig.gjf -fo gcrt -at gaff2 -gn "%nproc=4" -gm "%mem=4GB" -gk "#B3LYP/6-31G em=gd3bj pop=MK iop(6/33=2,6/42=6) opt" -rn MOL -nc 1 nohup g16 lig.