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4zy4配体
conda activate ambertools tleap source leaprc.gaff2 source leaprc.water.opc loadamberparams /home/lywu/pengziyu/0103/t28-2/lig_4zy4-t28.frcmod loadamberprep /home/lywu/pengziyu/0103/t28-2/
PAK4课题
2025-01-08 15:28:54
pengziyu
4zy4空蛋白0107
conda activate ambertools tleap source leaprc.protein.ff19SB source leaprc.water.opc pro = loadpdb /home/lywu/pengziyu/0103/pre_protein/4zy4_pred.pdb saveamberparm pro pro.prmtop pro.inpcrd s
PAK4课题
2025-01-08 15:17:31
pengziyu
搭建D3AI(Red Hat/CentOS 系列:)
gpu4n (课题组主要生产力之一 GPU)三块GPU(已搭建环境pzy) 172.21.85.9 chpeng P@ssw0rddddc part2跑完,现在在跑part5 ### 查看GPU使用情况 nvidia-smi ### 指定某块GPU(默认0盘) export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 export CUDA_VISIBLE_DEVICES=1 ex
PAK4课题
2024-12-30 22:09:30
pengziyu
看内存
1、看内存大小 df -h du -sh .#查看当前总目录的使用情况: du -h #看当前目录下所有子文件大小 2、看GPU运行内存 nvidia-smi 看GPU有几块 占比多少 一块GPU 核占比99% 三块GPU 3、看提交任务 top c #看细节 q #退出 4、查看文件夹目录下有多少子文件 ls file_path/ .txt | wc -l
代码细碎
2024-08-15 15:22:17
pengziyu
对接结果处理-作图
作图流程 https://www.x-mol.com/groups/cpu1604/events/31662 RGB配色表 https://b.xiumi.us/board/v5/251mJ/23381856 https://a.xiumi.us/board/v5/251mJ/23297905 set_color mycol1, [feature1R, feature1G, feature1B
Docking
2024-07-05 16:22:19
pengziyu
如何创建属于自己的环境
1. 创建一个新的 conda 环境 使用 conda create 命令来创建一个新的环境。 conda create --name pzv python=3.6.13 上述命令将创建一个名为 myenv 的环境,并安装 Python 3.10。 也可以同时安装其他包: conda create --name pzv python=3.10 numpy pandas matplotlib
代码细碎
2024-06-14 21:12:56
pengziyu
跨服务器复制
scp lywu@172.21.85.24:/home/lywu/chenyuanjie/4ztb-5.13-ff19test/topol.top ./ scp -r yqyang@172.21.85.3:/home/yqyang/DDB-AI/ ./ scp #复制文件 scp -r #复制文件夹 lywu@172.21.85.24: #目标服务器 /home/lywu/c
代码细碎
2024-06-14 20:58:24
pengziyu
安装PyTorch
torch 是 PyTorch 的核心库,PyTorch 是一个流行的开源深度学习框架,由 Facebook 的人工智能研究团队开发。它主要用于以下几个方面: 张量计算(类似于NumPy):支持GPU加速。 深度神经网络的构建和训练:提供了丰富的API来定义和训练深度学习模型。 自动微分:支持动态计算图的自动微分,用于梯度计算。 PyTorch的安装可以通过pip或conda进行,具体的安装
代码细碎
2024-06-12 17:04:27
pengziyu
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