NBO分析

我只需要关注NBO分析中的E(2)

一、具体操作步骤

1.先将上一步中提交的id_oniom.gjf所得的.log文件用GV打开（2GIU_oniom-3-4.log）

2.然后选中想要分析的残基与配体（其实就是之前选中的高层原子）’Tools----atom selection----‘

3.'Ctrl+c----File----New Molecule Group----Ctrl+v'得到下图：

4.补上绿色箭头上面那样断键的H。’右键----Builder----Element Fragments----H----点在刚才3中断键的地方‘

5.断键的地方都补完后保存文件为2GIU-oniom-3-4-NBO.gjf

6.按照韩子涧师兄给的模板（model_H1_123.gjf这个用于F、Br和Cl）改基组，改完依旧是2GIU-oniom-3-4-NBO.gjf（我不另外保存为其他文件了）

model_H1_123.gjf

模板中的(Fragment=1)不用管

如果是含I的，可以参考李锦添师姐的

1czi_X_hcomp.gjf

7.提交

nohup g16 2GIU-oniom-3-4-NBO.gjf &

(base) [g16@localhost 2GIU-phenyl+]$ cd "/home/g16/sm/260129-qmmm/NBO/"
(base) [g16@localhost NBO]$ nohup g16 2GIU-oniom-3-4-NBO.gjf &
[1] 202332

二、结果分析(2GIU为例)

1.搜索：Natural Population

你会找到类似 Summary of Natural Population Analysis 的标题。这里就是原子电荷所在地。

找到Br

Br的电荷是 +0.063（第三列）

• 这意味着什么？Br带微弱的正电荷！对于一个卤素原子来说，这是非常重要的信号——它表明Br上存在σ-hole（σ-空穴），有作为亲电试剂的潜力。Br的电负性本应使它带负电，但现在带正电，说明与其相连的C（C108，电荷-0.58）强烈极化，把电子拉向自己，使得Br的另一端（沿着C-Br轴方向）缺电子。

2.搜索： (Occupancy) 或 Bond orbital

定位：向下浏览，找到以卤素原子命名的轨道，通常是 LP ( 1) X，LP ( 2) X，LP ( 3) X 这样的格式，X是你的卤素符号。对于单键卤素，通常会有3个孤对电子轨道