NBO分析

我只需要关注NBO分析中的E(2)

一、具体操作步骤

1.先将上一步中提交的id_oniom.gjf所得的.log文件用GV打开（2GIU_oniom-3-4.log）
2.然后选中想要分析的残基与配体（其实就是之前选中的高层原子）’Tools----atom selection----‘
3.'Ctrl+c----File----New Molecule Group----Ctrl+v'得到下图：
4.补上绿色箭头上面那样断键的H。’右键----Builder----Element Fragments----H----点在刚才3中断键的地方‘
5.断键的地方都补完后保存文件为2GIU-oniom-3-4-NBO.gjf
6.按照韩子涧师兄给的模板（model_H1_123.gjf这个用于F、Br和Cl）改基组，改完依旧是2GIU-oniom-3-4-NBO.gjf（我不另外保存为其他文件了）
model_H1_123.gjf
模板中的(Fragment=1)不用管
如果是含I的，可以参考李锦添师姐的
1czi_X_hcomp.gjf
7.提交
  • nohup g16 2GIU-oniom-3-4-NBO.gjf &
  • (base) [g16@localhost 2GIU-phenyl+]$ cd "/home/g16/sm/260129-qmmm/NBO/"
    • 

  • (base) [g16@localhost NBO]$ nohup g16 2GIU-oniom-3-4-NBO.gjf &
    • 

  • [1] 202332

二、结果分析