3KDU-docking
"/home/databank/sm/251220-QMMM/QMMM-251010/com-pdb/high-gjf/oniom-3-0110/oniom-HC-H1/oniom-3-3-4/normal/3KDU-result/3KDU-phenyl/docking/3KDU-docking/"
将Cl改为苯基后，传统的glide对接，苯基的会排斥，
解决方法：
我测量了一下苯基直径是4.3Å，Cl的是1.7Å，也就是4Å内的残基进行柔性对接，试试看苯基替代的原子能不能进去
问题：
一一个蛋白受体是4Å内的残基是刚性的，苯的是柔性的，QM/MM结果对比会不会影响？
具体做法：
1.docking用的蛋白是3KDU_com.pdb
2.找出3KDU_com.pdb中Cl4Å内的残基ILE A 50 LEU A 56 ALA A 59 GLU A 60（-1） VAL A 64
3.将上述的蛋白选出的残基进行柔性对接