USP30
将一开始的docking,到实验数据,最后QM/MM
/home/databank/sm/251026-phenyl-jxr/
以“USP30为关键词”和USP30的FASTA序列在PDB Bank(https://www.rcsb.org/)和UniProt(https://www.uniprot.org )中搜索到所有与USP30相关的结晶蛋白,且具有非共价对接的小分子,作为对接的受体,结果如下:
结晶蛋白:9F19,9LYF(其与小分子为共价结合,但其相应文章研究的为非共价小分子)
配体:(之前测得活性得两个含F小分子,又把Cl\Br\I\苯基都替代了一下F形成新的配体)+ 结晶蛋白的小分子(9F19,9LYF-ligand)+ 9LYF相应文章中的非共价小分子compound3、4、5共同组成
结论:以9F19为模型,所得的对接打分与生物活性IC50的趋势一致
| 配体小分子 | IC50(nm) | docking score(kcal/mol) | IFD-docking score |
9F19-ligand | 4.1 | -12.86 | -13 |
| 11 | -10.91 -6.82 | -13 俩个构象基本重合 -14 | |
![]() | 862 | -10.62 -9.63 | -13.1 -13.2 |

