USP30

将一开始的docking,到实验数据,最后QM/MM
/home/databank/sm/251026-phenyl-jxr/
以“USP30为关键词”和USP30的FASTA序列在PDB Bank(https://www.rcsb.org/)和UniProt(https://www.uniprot.org )中搜索到所有与USP30相关的结晶蛋白,且具有非共价对接的小分子,作为对接的受体,结果如下:
结晶蛋白:9F19,9LYF(其与小分子为共价结合,但其相应文章研究的为非共价小分子)
配体:(之前测得活性得两个含F小分子,又把Cl\Br\I\苯基都替代了一下F形成新的配体)+ 结晶蛋白的小分子(9F19,9LYF-ligand)+ 9LYF相应文章中的非共价小分子compound3、4、5共同组成
 
结论:以9F19为模型,所得的对接打分与生物活性IC50的趋势一致
配体小分子IC50(nm)docking score(kcal/mol)IFD-docking score
9F19-ligand
4.1-12.86-13
11-10.91
 
 
 
 
-6.82
 
-13
俩个构象基本重合
-14
 
 
 
862-10.62
 
 
 
-9.63
 
-13.1
-13.2