shaomei @shaomei

将一开始的docking，到实验数据，最后QM/MM /home/databank/sm/251026-phenyl-jxr/ 以“USP30为关键词”和USP30的FASTA序列在PDB Bank(https://www.rcsb.org/）和UniProt（https://www.uniprot.org ）中搜索到所有与USP30相关的结晶蛋白，且具有非共价对接的小分子，作为对接的受体，结果如

我只需要关注NBO分析中的E(2) 一、具体操作步骤 1.先将上一步中提交的id_oniom.gjf所得的.log文件用GV打开（2GIU_oniom-3-4.log） 2.然后选中想要分析的残基与配体（其实就是之前选中的高层原子）’Tools----atom selection----‘ 3.'Ctrl+c----File----New Molecule Group----Ctrl+v'得到

1.蛋白前处理 根据韩子涧师兄的笔记ONIOM优化（QM/MM）和我做实验遇到的问题二创（2026.01.29），斜体是我增加的内容 PDB网站获得的结构往往发生残基缺失，需要进行补全，或者使用同源建模的结构。尽管同源建模和晶体结构RMSD很小，实际上有很多残基都会发生一定角度的偏离，有时可能会造成结果的定性错误。因此补全晶体结构的好处是结构更准确，但操作繁琐。使用同源建模操作简便，但可能带来误差

"/home/databank/sm/251220-QMMM/QMMM-251010/com-pdb/high-gjf/oniom-3-0110/oniom-HC-H1/oniom-3-3-4/normal/3KDU-result/3KDU-phenyl/docking/3KDU-docking/" 将Cl改为苯基后，传统的glide对接，苯基的会排斥， 解决方法： 我测量了一下苯基直径是4.3