yandannan @yandannan

/home/data/ydn/2.0/251020_wb/2.0_AI/AI_result/+_JQ1/TP-AI/ 但以JQ1为例AI能找到BRDT，2.0能找到BRD4,取交集以后为空集 有部分GRN基因不在TP库里，怎么做target prediction？ AI-TP人源：1771 GRN：16202 交集：1687 老师建议：1、扩大到3层，样本不够时考虑相似性补充 2、AI序列最

骨髓纤维化的关系目前没看到 1、调研文献看一下关系 2、基因沉默是否能延缓或停止疾病 3、敲除 protect

脚本使用的搜索方式是基于有向调控网络的 “分层上游广度优先搜索（Layered Upstream Breadth-First Search, BFS）”，其核心逻辑与COSMOS “因果路径筛选需按层级控制步数、优先最短路径” 的原则高度一致 Causal integration of multi-omics data with prior knowledge to generate mechan

1、下载完整的omnipath库 关注疾病信息 2、D3carp整合脚本 除了筛选AI人源/home/databank/ydn/JST2C2/test.py 3、2.0 筛掉一些置信度低的调控关系，使3层以内的上游调控基因少一点 4、读yx师兄筛选的文献

75.1 node_env ：Claude

immunoblot、immunoblotting=WB JQ1 → BET 家族（BRD4) → c-MYC蛋白下调 例：BET bromodomain inhibition as a therapeutic strategy to target c-Myc

75.1 pathway2targets_env 75.1(similarity) rdkit_y 75.1（AI） cyj-d3ai（yj师姐） 上面环境cyj-d3ai是85.3上面的pytorch_gpu一样的D3CARP-AI的靶标预测按照下面步骤使用，(虚筛需要修改脚本路径)使用: 1、conda activate cyj-d3ai 2、cd path/to/your/file 3、