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  • JST2C2
    化合物能浓度梯度依赖性地下调脂肪分化因子(PPARγ、C/EBPα)以及相关脂肪合成酶(FASN、ACACA)基因表达水平。 化合物能显著抑制高脂饮食诱导的肥胖小鼠体重的增加;与HFD对照组小鼠相比,40 mg/kg剂量给药40天后减重29.32%;且不影响小鼠食欲。 85.23 docking (conda activate rdkit) nohup bash /home/databank
  • JST2C2
    化合物能浓度梯度依赖性地下调脂肪分化因子(PPARγ、C/EBPα)以及相关脂肪合成酶(FASN、ACACA)基因表达水平。 化合物能显著抑制高脂饮食诱导的肥胖小鼠体重的增加;与HFD对照组小鼠相比,40 mg/kg剂量给药40天后减重29.32%;且不影响小鼠食欲。 85.23 docking (conda activate rdkit) nohup bash /home/databank
  • Omnipath数据库
    一、OmniPathR 是“联网访问 + 可离线缓存”机制,不是完全离线工具 官方设计理念(OmniPathR 文档) “OmniPathR retrieves all data from the central OmniPath web service (https://omnipathdb.org). However, all downloaded data are cached local
  • 2025.10.16-OmniPath 工作流和教程(重建网络)
    75.3:/home/data/ydn/2.0/250930/new/office.R conda activate pathway2targets_env 代码官方文件:https://workflows.omnipathdb.org/ OmnipathR:https://r.omnipathdb.org/reference/index.html OmnipathR 的手册: 一、脚
  • FAP(成纤维细胞活化蛋白,Fibroblast Activation Protein)
    JAK2抑制剂 Pca原儿茶醛 FAP-CAR-T疗法 抗原与肿瘤 攻击肿瘤 目的:降解解决疾病 骨髓纤维化的关系目前没看到 1、调研文献看一下关系 2、基因沉默是否能延缓或停止疾病 没有影响 立转 3、敲除 protect 数据 FAP连一个莎莉多按 FAP与骨髓纤维化的关系 1. FAP在骨髓中的表达 FAP在生理条件下主要表达于骨髓间充质干细胞(BM-MSCs),而在正常成人组织中
  • 问题
    逻辑点: “为什么不一开始就根据真实通路的层级(A→B→C)逐层搜索,而是让 C 也出现在第 1 层?” “为什么不把 C 放到第 2 层,让层级与生物通路步数对应呢?” 这个问题的答案核心在于: OmniPath 的边不是纯算法拓扑关系,而是基于文献证据定义的“最短已知因果路径”。 换句话说,它本身就已经是“压缩后的因果层级”。 下面我一步步帮你解释清楚。 一、传统拓扑层级 vs OmniP
  • 通路 组学 元生
  • cosmos
    COSMOS(Causal Oriented Search of Multi-Omics Space)也是omnipath团队成员参加开发的,是一种整合多组学数据与先验知识(也使用了omnipath数据库建立知识网络)、通过因果推理生成机制假设的分析方法,目标是从转录组学、磷酸化蛋白质组学、代谢组学等多组学数据中,系统提取分子机制假设。其文章“Causal integration of multi