服务器

75.1

pathway2targets_env

75.1(similarity)

rdkit_y

75.1(AI)

cyj-d3ai(yj师姐)
上面环境cyj-d3ai是85.3上面的pytorch_gpu一样的D3CARP-AI的靶标预测按照下面步骤使用,(虚筛需要修改脚本路径)使用:
1、conda activate cyj-d3ai
2、cd path/to/your/file
3、cp /home/dddc/chenyuanjie/hl_wr_tcm_d3carp_calculate/yingshe-d3ai/1-DeepL-TP.sh ./4、bash path/to/your/file/1-DeepL-TP.sh - path/to/your/file/test .smi -m MPNN-CNN

75.2

文献(yx师兄)

85.23(docking)

rdkit
nohup bash /home/databank/database/d3carp/scripts/1-Docking_TP.sh -l /home/databank/ydn/d3carp-docking/workdir/test/JST181.mol2 -t /home/databank/ydn/d3carp-docking/workdir/test/allpdb -c 100 &

75.3(similarity、docking)

rdkit、vina