yandannan @yandannan

ligand database

化合物能浓度梯度依赖性地下调脂肪分化因子（PPARγ、C/EBPα）以及相关脂肪合成酶（FASN、ACACA）基因表达水平。 化合物能显著抑制高脂饮食诱导的肥胖小鼠体重的增加；与HFD对照组小鼠相比，40 mg/kg剂量给药40天后减重29.32％；且不影响小鼠食欲。 85.23 docking （conda activate rdkit） nohup bash /home/databank

ligprep 溶剂优化 conda activate ambertools # 高斯优化 # 注意检查体系的电荷和自选多重度(eg.将T3的gjf电荷0 1改为1 1) antechamber -i lig.sdf -fi sdf -o lig.gjf -fo gcrt -at gaff2 -gn "%nproc=4" -gm "%mem=4GB" -gk "#B3LYP/6-31G

转坐标 Oleoyl-CoA.sdf -O Oleoyl-CoA.mol2 --gen3d --ff gaff gjf antechamber -i Oleoyl-CoA.mol2 -fi mol2 \ -o lig.gjf -fo gcrt \ -at gaff2 \ -gn "%nproc=4" \ -gm "%mem=4GB" \ -gk "#B3LYP/6-31G em=

cd /home/databank/ydn/DRAK2/analysis/check/RMSD-fir CPPTRAJ="/home/dddc/software/miniforge3/envs/ambertools/bin/cpptraj" TOPO="/home/databank/ydn/DRAK2/MD/Re/noMg/system1/parameters/native.prmtop"

操作 Mg体系： /home/databank/ydn/DRAK2/analysis/cluster/Mg/ noMg体系：/home/databank/ydn/DRAK2/analysis/cluster/noMg/ 输入轨迹 Mg体系： dry-na-align.xtc（含Na⁺，已对齐）noMg体系：dry-na-align.xtc（含Na⁺，已对齐） cpptraj命令 Mg

rmsd： /home/databank/ydn/DRAK2/MD3/Mg/system2/check/RMSD/ /home/databank/ydn/DRAK2/MD/Re/noMg/check/RMSD/ show sticks, resn MOL select ion_test, inorganic show spheres, ion_test set sphere_scale,