zhangjianfang @zhangjianfang

#将center_of_mass.py放在pymol安装目录下的lib文件夹 import center_of_mass #选中要创建质心的原子 com sele,state=r1 #修改质心球大小 set sphere_scale,0.4 center_of_mass.py

2022年5月19日 配体小分子处理 #22220 antechamber -i ICU30.mol2 -fi mol2 -o lig.gjf -fo gcrt #修改lig.gjf --Link1-- %chk=molecule %mem=4GB %nproc=8 #B3LYP/6-31G scrf=(solvent=water) SCF=tight Test Pop

先将复合物结构去氢保存成pdb格式，然后文本大开将化合物的坐标信息调整到与之相联的氨基酸后，将氨基酸名称、所在的链均修改一致，原子类型需与bcc点和文件中的一致： 然后对蛋白质进行质子化预测，主要是确定HIS的构型，根据out文件修改上述pdb文件的HIS： #激活pdb2pqr: conda activate pdb2pqr预测 #质子化 pdb2pqr30 wt.pdb wt.pq

ACE2体系准备 用/home/chpeng/zjfang/rbd-ace2/路径下准备好二硫键信息的ace2_H.pdb、rbd_H.pdb. 将ace2_H.pdb中的前19个氨基酸和第20位的H删掉。 pdb2pqr30 rbd.pdb rbd.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.4 --pdb-output rbd_H.pdb

蛋白质处理 需要先对蛋白质进行质子化预测： #激活pdb2pqr: conda activate pdb2pqr预测 #质子化 pdb2pqr30 ${protein}.pdb ${protein}.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.4 --pdb-output ${protein}_out.pdb #Tleap处理蛋白质：准备好空白蛋

批量突变蛋白： #从知乎上搜到了杨师兄的方法，原文链接：注意链的变化 Pymol|Pymol构建蛋白质点突变并优化 (qq.com) 批量预处理突变后的蛋白质分子：使用for循环 conda activate pdb2pqr for a in `cat index.log`;do pdb2pqr_cli --ff=amber --ffout=amber --chain --with-ph=