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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • MD流程(GMX)
    1. 生成拓扑文件 gmx_mpi pdb2gmx -ignh -ff amber99sb-ildn -f 1udt-clean.pdb -o fws.gro -p fws.top -water tip3p # 我们得到了三个输出文件: 结构文件.gro, 拓扑文件.top, 位置限制文件posre.itp. 2. 模拟体系构建（添加模拟盒子并溶剂化） ## 添加模拟盒子 gmx_m
    share 2024-04-24 10:17:49    zhouzhaoyin
  • research
    结合自由能（Absolute binding free energy, ABFE）计算和相对结合自由能（Relative binding free energy, RBFE）计算，前者常用于配体与受体结合前后状态的估算，后者常见于靶点与不同配体结合状态下的估算。
    share 2024-04-24 09:01:57    zhouzhaoyin
  • obabel
    install # 85.2 /home/dddc/zzy/software/obabel wget https://github.com/openbabel/openbabel/archive/refs/tags/openbabel-3-1-1.tar.gz tar zxf openbabel-3-1-1.tar.gz # (this creates openbabel-3-1-1
    share 2024-04-12 16:23:25    zhouzhaoyin
  • 结合自由能计算
    MM/PBSA mpirun -np 20 MMPBSA.py.MPI -O -i ../mmgbsa.in -o final.dat -cp ../native.prmtop -rp ../pro.prmtop -lp ../lig.prmtop -y /home/databank/zzy/project/trip13/analysis/0415/cluster/0-500ns_AAA_rms
    share 2024-04-10 22:50:32    zhouzhaoyin
  • 85.1
    # 安装gcc,openmpi conda create -n gcc_8_5 -c conda-forge gxx_linux-64=8.5.0 gcc_linux-64=8.5.0 sysroot_linux-64=2.17 python=3.8 openmpi conda activate gcc_8_5 ln -s /home/jawang/anaconda3/envs/gcc_
    share 2024-03-20 14:32:15    zhouzhaoyin
  • record
    172.21.85.1 # 安装gcc,openmpi conda create -n gcc_8_5 -c conda-forge gxx_linux-64=8.5.0 gcc_linux-64=8.5.0 sysroot_linux-64=2.17 python=3.8 openmpi conda activate gcc_8_5 ln -s /home/jawang/anacon
    share 2024-03-20 10:05:01    zhouzhaoyin
  • docking
    虚筛是通过计算模拟提高活性化合物富集率 Virtue screening can be used as a computational method to enhance the enrichment of bioactive compound. Schrödinger Glide 高通量筛选结果处理流程： 1. htvs 筛选 2. 设定一定cut-off (-7/-8/-9..) glide
    share 2024-03-19 16:39:05    zhouzhaoyin
  • 科研小技能交流-第3期（20240314）
    分子动力学操作（GROMACS) 教程来源： GROMACS教程：漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究：Amber99SB-ILDN力场|Jerkwin 原始文档来自 John E. Kerrigan(jkerriga@rutgers.edu, kerrigje@umdnj.edu) 一些关于分子动力学的知识 mkdir –p your_dir_name cd your_dir_name
    share 2024-03-14 09:55:27    zhouzhaoyin