结合自由能计算

MM/PBSA

  • mpirun -np 20 MMPBSA.py.MPI -O -i ../mmgbsa.in -o final.dat -cp ../native.prmtop -rp ../pro.prmtop -lp ../lig.prmtop -y /home/databank/zzy/project/trip13/analysis/0415/cluster/0-500ns_AAA_rms_2A/extract_xtc/rep-c4.xtc -eo mmgbsa.csv
PBSA是隐式溶剂模型，做MMPBSA的时候，起到环境效应的水分子都应当去掉。如果保留水也应当只是保留关键位点的。 ——sob (tianlu)

References：

  1. http://sobereva.com/42
  2. MMPBSA计算脚本小计 - 知乎 (zhihu.com)