docking

pymol-edu-license(3).lic
虚筛是通过计算模拟提高活性化合物富集率
Virtue screening can be used as a computational method to enhance the enrichment of bioactive compound.

Schrödinger Glide

高通量筛选结果处理流程：
1. htvs 筛选
2. 设定一定cut-off (-7/-8/-9..) glide_merge出一部分
3. sp dock
4. xp dock (看情况）
  • ### 拿到结果后，整理结果
    • 

  • for i in {0..5};do glide_merge c${i}/*/*maegz -c -8 -o c${i}-8-htvs.maegz;done
    • 

  • ### 设定一定cut off将对应的化合物提取出来（glide merge 得到maegz文件)，在maestro里打开，对"Title"字段重新编辑：先clear values，再merge property(name+docking score)
    • 

  • ### canvas - binary fingerprint - leader follower clustering
    • 


    • 


    •

smina

Center of Mass: [  48.997,  44.261,  37.907]
  • smina --seed 1 --num_modes 10 -r 6lk0fix-md.pdb -l 0415.pdb --center_x  48.997 --center_y 44.261 --center_z 37.907 --size_x 20 --size_y 20 --size_z 20 -o dock_0415-t13.pdb