172.21.85.1

# 安装gcc,openmpi
conda create -n gcc_8_5 -c conda-forge gxx_linux-64=8.5.0 gcc_linux-64=8.5.0 sysroot_linux-64=2.17 python=3.8 openmpi
conda activate gcc_8_5


ln -s /home/jawang/anaconda3/envs/gcc_8_5/libexec/gcc/x86_64-conda-linux-gnu/8.5.0/gcc /home/jawang/anaconda3/envs/gcc_8_5/bin/gcc


conda deactivate
conda activate gcc_8_5
gcc -v


# 安装cmake
locate cmake
ls /home/jawang/software/cmake-3.13.1-Linux-x86_64/bin/cmake




# 官网下载Download CMake，上传服务器
tar xzvf cmake-3.29.0-rc3.tar.gz
cd cmake-3.29.0-rc3
# 配置（报错了）
./bootstrap --prefix=/home/jawang/zzy/software/cmake/prefix

• glibc 需要联系张老师安装，错误安装的话会使系统瘫痪

strings /lib64/libc.so.6 | grep GLIBC


strings usr/lib/libc.so.6 | grep GLIBC

• 张老师装载了/lib 下，默认路径是/ lib64/ ，需要更改

export LD_LIBRARA_PATH=/lib/:${LD_LIBRARY_PATH}
./bootstrap --prefix=/home/jawang/zzy/software/cmake/prefix

# 编译
make
# 安装
make install


# 添加环境变量
vi /etc/profile   
# 在文件末尾追加一下代码：
PATH=/usr/local/cmake/bin:$PATH
export PATH


# 使修改生效 
source /etc/profile   
# 查看PATH值
echo $PATH  


# 查看版本（检验）
cmake --version


# 删除文件 
rm -rf cmake-3.21.4-linux-x86_64.tar.gz


### 安装gmx2022
scp dddc@172.21.85.23:/home/databank/zzy/software/vsremd-2022.5/gromacs-2022.5.tar.gz ./
tar xvf gromacs-2022.5.tar.gz
cd gromacs-2022.5
mkdir build install
cd build


### 22210 85.2
## -DGMX_SIMD参数的选择，看Installation guide — GROMACS 2022 documentation
## 用下面的命令可以看本机支持的版本，选择和安装指导中共有的参数即可
cat /proc/cpuinfo | grep flags |grep sse


/home/jawang/software/cmake-3.13.1-Linux-x86_64/bin/cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/jawang/zzy/software/gmx/gromacs-2022.5/install -DGMX_SIMD=SSE2 -DGMX_GPU=CUDA -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on -DGMX_MPI=on

• 报错： CMake 3.16.3 or higher is required.  You are running version 3.13.1

## 根据服务器空闲核数设置参数
make -j 20 
make install -j 20

# 环境变量设置 
# gmx2022 
# 命令行输入以下命令
export PATH=/home/dddc/zzy/software/gmx/gromacs-2022.5/install/bin/:$PATH
export LD_LIBRARA_PATH=/home/dddc/zzy/software/gmx/gromacs-2022.5/install/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=/home/dddc/zzy/software/gcc/prefix/gcc-12.2.0/lib64/:${LD_LIBRARY_PATH}


# 测试
which gmx_mpi


# 若无误，将3行export写入自己的环境变量
cp ~/.bashrc ./gmx2022.sh


# 需要使用时，source该环境即可