MD流程(GMX)

1. 生成拓扑文件

gmx_mpi pdb2gmx -ignh -ff amber99sb-ildn -f 1udt-clean.pdb -o fws.gro -p fws.top -water tip3p
# 我们得到了三个输出文件: 结构文件.gro, 拓扑文件.top, 位置限制文件posre.itp.

2. 模拟体系构建（添加模拟盒子并溶剂化）

## 添加模拟盒子
gmx_mpi editconf -f fws.gro -o fws-PBC.gro -bt dodecahedron -d 1.2


# 真空中能量最小化
gmx_mpi grompp -f em-vac-pme.mdp -c fws-PBC.gro -p fws.top -o em-vac.tpr -maxwarn 1
gmx_mpi mdrun -v -deffnm em-vac


# 向盒子中填充溶剂
gmx_mpi solvate -cp em-vac.gro -cs spc216.gro -p fws.top -o fws-b4ion.gro


# 能量最小化
gmx_mpi grompp -f em-sol-pme.mdp -c fws-b4ion.gro -p fws.top -o ion.tpr -maxwarn 1


# 添加离子，平衡至中性
gmx_mpi genion -s ion.tpr -o fws-b4em.gro -neutral -conc 0.15 -p fws.top
# 选择溶剂组
> 13


# 能量最小化
gmx_mpi grompp -f em-sol-pme.mdp -c fws-b4em.gro -p fws.top -o em-sol.tpr
gmx_mpi mdrun -v -deffnm em-sol

3. 位置限制性预平衡模拟

# 由于GPU不支持多能量组，这里提供的mdp文件与教程里略有不同
# 我们现在需要对整个体系进行位置限制性模拟, 也就是对溶剂和离子进行弛豫同时保持蛋白质原子的位置不变. 在位置限制性模拟中会限制(或部分冻结)大分子中的原子位置, 而允许溶剂分子运动, 这样做像是将大分子浸入水中, 可以使体系进一步平衡。
# 100 ps的NVT系综平衡
gmx_mpi grompp -f nvt-pr-md.mdp -c em-sol.gro -r em-sol.gro -p fws.top -o nvt-pr.tpr
gmx_mpi mdrun -deffnm nvt-pr


# 100 ps的NPT系综平衡
gmx_mpi grompp -f npt-pr-md.mdp -c nvt-pr.gro -r em-sol.gro -p fws.top -o npt-pr.tpr
gmx_mpi mdrun -deffnm npt-pr