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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • study materials
    （小分子）卤键-EP模型在gromacs中的实现 贡献者：李锦添师姐 （小分子）卤键-EP模型在gromacs中的实现 非标准氨基酸 贡献者：吴乐云师姐 2023年前 贡献者：simm; 石禹龙师兄；彭诚师兄
    share 2024-05-28 10:25:44    zhouzhaoyin
  • D3MD
    # 测试路径 172.21.75.1 /home/dddc/zzy/test/0515-gmx/test-grompp # 按时间合并轨迹的方法： # 在提交每一次独立的短时MD任务时，在生成tpr文件时，在mdp文件中加一行“tinit”参数（单位 ps），指定模拟开始时间 # gro文件修改（若符合交换条件，交换速度），作为下一次模拟的参考构象（-c);下一次模拟需要新的mdp
    share 2024-05-17 09:07:45    zhouzhaoyin
  • record
    conda create -n gcc_8_5 gxx_linux-64=8.5.0 gcc_linux-64=8.5.0 sysroot_linux-64=2.17 python=3.8 openmpi 安装后输出： For Linux 64, Open MPI is built with CUDA awareness but this support is disabled by defa
    MD 2024-05-14 13:47:02    zhouzhaoyin
  • 5.14 install conda
    # Index of /anaconda/archive/ | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror 下载 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh 实际用的时候，报错 2024-05-14 01:23:4
    MD 2024-05-14 13:02:07    zhouzhaoyin
  • pymol
    generate dimer from a monomer fetch 4ryl symexp 4ryl, 4ryl, 4ryl, 3 references and materials: protein structure - Generate full dimer from monomer with C2 symmetry? - Biology Stack Exchange How ca
    share 2024-05-11 10:42:32    zhouzhaoyin
  • MD
    using blast to check your sequence after preparation! Implicit solvent model mdp file (amber GB)
    share 2024-04-30 09:36:53    zhouzhaoyin
  • data analysis
    glide sdconvert -imae lig_epikout.mae -osdf lig_epikout.sdf
    share 2024-04-30 09:00:34    zhouzhaoyin
  • 0425
    实际需求： 给定一个 temp, top ， example.mdp 自动流程化调参 gmx_mpi make_ndx -f npt2.gro -o index.ndx for aa in $(seq 1 $num_replica) do b=`sed -n "${aa}p" ${file_dir}/temp` mkdir -p ${input_dir}/md${aa} sed "
    MD 2024-04-26 14:34:40    zhouzhaoyin