# 测试路径 172.21.75.1 /home/dddc/zzy/test/0515-gmx/test-grompp
# 按时间合并轨迹的方法：
# 在提交每一次独立的短时MD任务时，在生成tpr文件时，在mdp文件中加一行“tinit”参数（单位 ps），指定模拟开始时间



# gro文件修改（若符合交换条件，交换速度），作为下一次模拟的参考构象（-c);下一次模拟需要新的mdp文件，mdp 文件中 添加“tinit”参数 单位 ps，指定开始时间，生成tpr


# 最后，用gmx的trjcat命令合并所有的轨迹（-f 后可以接任意数量的轨迹）
gmx_mpi trjcat -f 1.xtc 2.xtc -o merge.xtc

1. 调用md生成tpr文件

# -maxwarn 1 感觉可以不加，加了就是增加容错。正常情况下尽可能调整至无warning。
gmx_mpi grompp -f md.mdp -c start.gro -p topol.top -n index.ndx -o run.tpr -maxwarn 1

2. gromacs GPU cMD 2ps 

# 这一步 deffnm 后的名字得和上面tpr 的名字保持一致，跑出来的文件名字（run.gro ; run.xtc ; run.log 等)也都是这个
gmx_mpi mdrun -v -deffnm run

3. gmx CPU 计算能量

# 基于上一步动力学得到的最后一帧gro。提取出需要计算的几个对象（蛋白，小分子，溶剂）
# echo 后面跟的数值是 选择对应的组， 不同体系之间可能略有差异
echo 1|gmx_mpi trjconv -s run.tpr -f run.gro -o pro.pdb
echo 13|gmx_mpi trjconv -s run.tpr -f run.gro -o mol.pdb
echo 17|gmx_mpi trjconv -s run.tpr -f run.gro -o sol.pdb


# 若需要 自定义 组 （例如： 蛋白-小分子）可生成对应的index文件,见“自定义组（index)”部分


# 分别生成他们各自的tpr
# echo 后面跟的数值是 选择对应的组， 不同体系之间可能略有差异
echo 1|gmx_mpi convert-tpr -s run.tpr -o pro.tpr
echo 13|gmx_mpi convert-tpr -s run.tpr -o mol.tpr
echo 17|gmx_mpi convert-tpr -s run.tpr -o sol.tpr




# 分别计算能量, 这一步输出的都叫 md.log ，得改名字，不然会覆盖
gmx_mpi mdrun -s pro.tpr -rerun pro.pdb
mv md.log pro.log


gmx_mpi mdrun -s mol.tpr -rerun mol.pdb
mv md.log mol.log


gmx_mpi mdrun -s sol.tpr -rerun sol.pdb
mv md.log sol.log
 





# 在输出的log文件里提取能量

自定义组（index)

gmx_mpi make_ndx -f gromacs.gro -o index.ndx



# 若需要选取多个 用 | 连接即可，例如下图

合并轨迹

cpptraj <<EOF
parm ref.pdb
trajin 1.xtc
trajin 2.xtc
trajin 3.xtc
autoimage
rms
trajout ${i}_autoimage_fit.xtc
trajout ${i}_look.pdb offset 1000
run
EOF
done