gmx_mpi make_ndx -f npt2.gro -o index.ndx

for aa in $(seq 1 $num_replica)
do
b=`sed -n "${aa}p" ${file_dir}/temp`
mkdir -p ${input_dir}/md${aa}
sed "s/xxxx/${b}/g" ${file_dir}/example.mdp > ${input_dir}/md${aa}/md.mdp


gmx_mpi grompp -f ${input_dir}/md${aa}/md.mdp -c ${file_dir}/npt2.gro -p ${file_dir}/topol.top -n ${file_dir}/index.ndx -o ${input_dir}/md${aa}/md.tpr -maxwarn 1


cd ${input_dir}
mpirun -np 100 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 md2 md3 md4 md5 md6 md7 md8 md9 md10 md11 md12 md13 md14 md15 md16 md17 md18 md19 md20 -replex 1000


mpirun -np 100 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 md2 md3 md4 md5 md6 md7 md8 md9 md10 md11 md12 md13 md14 md15 md16 md17 md18 md19 md20 -replex 100




/home/databank/lywu/apo-proteins/hiv-1/tune_temp/grep_exchange/test


lywu      76932  0.0  0.0 113288  1452 ?        S    01:17   0:00 sh tune_temp.sh

0426 

(base) [lywu@localhost 0425]$ ps 97715
   PID TTY      STAT   TIME COMMAND
 97715 pts/125  S      0:00 sh tune_temp.sh