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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • ligand database
    虚筛数据库 数据库中部分化合物已缺失 目前组内实际可供称样的化合物 (DRN库）具体信息如下 （整理人：lywu） 其余库尚未进行系统整理 1.inhouse 1.1 inhouse-DCZ 最新数据230815（2716个化合物）位置： 22223服务器：/home/databank/database/inhouse-230815-2716 22224服务器：/home/databa
    share 2024-09-23 10:49:46    tianyaxin
  • Analyze MD trajectories
    写在前面 大胆敲命令，出错了没事，gmx大多数的命令都可以先敲，报错信息里会告诉你哪里出错了，结合gmx_mpi <关键词> -h，再看看手册，你可以解决大多数报错！实在不行，还有乐云：） 轨迹处理 # 你想看你的体系中哪些东西，就把他们放进一个group，常用的是 protein|mol|ions ！建议在md 工作文件夹下建一个新的文件夹 （analysis之类的），md的文件很多，及
    share 2024-09-21 23:11:26    zhouzhaoyin
  • constant velocity SMD
    轨迹可视化 # Trypsin 体系需要生成Protein_CA_MOL的index gmx_mpi make_ndx -f smd0.gro -o index.ndx > 1|14|15 21 Protein_CA_MOL: 3338 atoms # Hiv 体系 gmx_mpi make_ndx -f smd0.gro -o index.ndx > 1|13 18 Prote
    MD 2024-09-18 14:38:53    zhouzhaoyin
  • clean version
    配体准备 # 22224 # 172.21.85.24 # 使用薛定谔优化结构（图形化界面操作） # pH = 8.0，手性从3D结构定（晶体结构），力场为2017版的默认力场OPLS3 # 高斯优化 # 原始文件 /home/databank/lywu/trypsin/inhibitiors/gaussian_job # 注意检查体系的电荷和自选多重度 antecha
    MD 2024-09-13 23:13:25    zhouzhaoyin
  • SMD 的问题
    # 20240913 乐云师姐发现： 之前 plumed 的所谓的smd, 因为设置了asp-配体 距离为cv,在smd进行的过程中，ASP发生了剧烈的形变，这使得构象不合理，从而导致了配体很快的解离 # 师姐检查了
    MD 2024-09-13 17:13:58    zhouzhaoyin
  • Hiv-B409 <cnv>
    <cnv>: clean version 背景调研 koff 数据来源：Relationships between Structure and Interaction Kinetics for HIV-1 Protease Inhibitors | Journal of Medicinal Chemistry (acs.org) 蛋白质晶体结构来源：PDB 1EC1 PH: 7.4 体
    MD 2024-09-13 12:09:54    zhouzhaoyin
  • smina-盲对接
    思路： 把整个蛋白质装进对接盒子，允许在整个盒子中搜索小分子构象 对接中心确认： pymol中切换-chains；选中整个蛋白质；命令行计算质心： centerofmass sele 输出案例如下图： 得到的三个值分别为 smina对接命令里的 --center_x / --center_y / --center_z 后跟的值 对接盒子尺寸确认 有现成的脚本：原链接： DrawGr
    share 2024-09-11 10:11:36    zhouzhaoyin
  • Hiv-A047 PMF
    # 85.23 /home/databank_70t/lywu/hiv-1/a047/vsremd/test-100ns/pmf scp lywu@172.21.85.24:/home/databank/lywu/trypsin/inhibitiors/trypsin-18/20replica/zzy-atom_center/pmf-2024-09-06-atomcenter.ipynb ./
    MD 2024-09-09 15:40:00    zhouzhaoyin