ligand database
虚筛数据库
数据库中部分化合物已缺失
目前组内实际可供称样的化合物 (DRN库）具体信息如下 （整理人：lywu）
其余库尚未进行系统整理
1.inhouse
1.1 inhouse-DCZ
最新数据230815（2716个化合物）位置：
- 22223服务器：/home/databank/database/inhouse-230815-2716
- 22224服务器：/home/databank/database/inhouse-230815-2716
课题组内部合成;主要为DCZ系列，含少量T系列、TSG系列等化合物
1.2 DRN
最新数据230815（805个化合物）位置：
- 22223服务器：/home/databank/database/DRN1-805_20230815
- 22224服务器：/home/databank/database/DRN1-805_20230815
老药库 ; DRN1-DRN805
1.3 old-inhouse
20160324版本，其中含少部分DCZ与（1.1DCZ）重合，大部分是课题组曾经购买的化合物
- 22223服务器：/home/databank/zzy/database/inhouse_20160324_6449/ligprep_ph7.4_OPLS2005
2.commercial
2.1 ChemDiv
最新数据231020（5个子库 DC01/02/03 IC NC）位置：
- 22223服务器：/home/databank/zzy/database/chemdiv_231020/ligrep/
- 22224服务器：/home/databank/zzy/database/chemdiv_231020/ligrep/
通用筛选库，下载自chemdiv官网Screening Libraries (chemdiv.com)
Database preprocessing methods: maestro ligrep OPLS_2005 PH: 7.4
2.2 Specs
最新数据231019（4个子库 NP-1mg SC_10mg SC_20mg SC_50mg）位置：
- 22223服务器：/home/databank/zzy/database/specs_231019/ligrep/
- 22224服务器：/home/databank/zzy/database/specs_231019/ligrep/
website address: https://www.specs.net/index.php?view=databases&page=download
Database preprocessing methods: maestro ligrep OPLS_2005 PH: 7.4
说明
1.在有些虚拟筛选体系中，会遇到蛋白活性位点有金属离子的情况，对这类型的受体进行虚拟筛选时，要注意选用 在liprep时添加了 ”Metal binding states“ 的配体文件 （通常命名为 ligprep_MBS_<database_name> 的形式 如 ligprep_MBS_inhouse_230816）