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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • 思路
    交换率不能高于0.4 vsREMD 得到的pathway, 对应新方法的 区间的采样点，聚类，最大簇的结构作为初始构象, 去跑CMD 实际需求 给定一个 temp, top ， example.mdp 自动流程化调参 可以 用户自定义 副本数 理想交换率 调试阶段可以0.1ns（-replex 100) 就够了，最后需要跑一个1ns的确认交换率
    MD 2024-09-09 09:12:46    zhouzhaoyin
  • Fig & Random Notes
    Fig key-resi Random Notes MD 有可能会使手性改变
    share 2024-09-09 09:11:52    zhouzhaoyin
  • GaussView
    https://getintopc.com/softwares/design/gaussview-6-0-16-free-download/ 注册码：V64128473351848W-5826N
    share 2024-09-06 19:57:14    zhouzhaoyin
  • 20240826 MD procedure
    基于20240825 晚和乐云师姐的讨论，开展以下工作 trypsin-inhibitors 体系 trypsin-inhibitors 3PTB和5eg4序列比对 进入3PTB的PDB界面，find similar proteins by sequence 100%, 配体准备 # 22224 # 172.21.85.24 # 使用薛定谔优化结构（图形化界面操作）
    MD 2024-09-06 17:05:30    zhouzhaoyin
  • analysis traj
    gmx_mpi trjconv -f md.xtc -s md.tpr -n ../index.ndx -o dry.xtc -pbc mol -ur compact gmx_mpi check -f dry-test.xtc d = statistic.com_distance(trj=xtc, top=top, mask="@2474, @3225")
    MD 2024-09-06 12:32:54    zhouzhaoyin
  • 8.29 other inhibitors-18
    受体准备 # 含一个钙离子，223个氨基酸，3221个原子 # /home/databank/zzy/project/MD/koff/trypsin/pro-pre/pro-tleap.pdb # 0826开的这个体系5个抑制剂所用的受体一致，其中第一个做的抑制剂31是复合物晶体结构里原有的配体，其余4个是对接进去的 # PDBBIND # /home/databank/zzy/pr
    MD 2024-09-02 21:17:34    zhouzhaoyin
  • 0828 noNA CM-SMD
    # /home/databank_70t/zzy/project/koff/trypsin-31/smd # 初始文件：gmx.top md.mdp npt.gro smd.sh splumed.in（dat文件模板） for i in {0..39};do m=`echo $i|awk '{print 0.20+$i 0.10}'`; sed "s/temp1/${m}/g" spl
    MD 2024-08-28 19:56:37    zhouzhaoyin
  • 8.19 85.11 vsREMD
    22207服务器GMX2022-vsREMD已安装完成： 环境变量：~/.gmx2022-vsREMD.sh 测试路径：/home/g16/zzy/software/test/gmx2022/0819-install/from24-tune-temp-5replica 测试命令：mpirun -np 54 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 m
    MD 2024-08-28 19:23:48    zhouzhaoyin