zhouzhaoyin

zhouzhaoyin @zhouzhaoyin

16 粉丝 11 关注

组织

@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • 2.26 smd+jazynsiki
    On the spontaneous encapsulation of proteins in carbon nanotubes - ScienceDirect 公式很清晰 先计算SMD模拟中对配体施加的不可逆功再通过多个不可逆功+jarzynski得到PMF 数据整理 # 85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hiv-1/smd2/analysis/f
    MD 2025-03-01 17:04:30    zhouzhaoyin
  • 3.1 hiv smd
    根据2.24，2.25与朱老师，乐云师姐的讨论 想做一个 “错误”初始构象出发的SMD模拟 10:44 提交hermite constraint dock 任务，ref 为 B439的smina对接结果，与晶体结构差距较大，如下图：蓝色为B409晶体结构构象，黄色为B439 hermite CD构象，红色为B439 smina dock构象 任务完成后，要gv-check，考虑等待流程化脚
    MD 2025-03-01 10:49:53    zhouzhaoyin
  • 1.31 smd+jazynsiki sob
    科音-卢天 27：28 提到他本人还是其他人做过 smd+jazynsiki 算pmf的工作，可借鉴
    MD 2025-02-26 19:58:18    zhouzhaoyin
  • koff-part3 HIV
    MD 2025-02-26 19:10:21    zhouzhaoyin
  • koff-part1 learn smd
    20240826 阶段性工作目标：trypsin-5个抑制剂的koff计算模拟 5个抑制剂都有实验测得的kon/off值，看我们的计算结果如何 目前想做的流程是从单一复合物晶体结构出发，跑SMD，把配体从蛋白质口袋中拉出去，得到多个配体在蛋白进出口袋路线上的复合物构象
    MD 2025-02-26 19:10:01    zhouzhaoyin
  • koff-part2 hsp90
    MD 2025-02-26 19:09:37    zhouzhaoyin
  • HSBD 2025-02-25 19:28:16    zhouzhaoyin
  • 2.17 HIV SMD
    HSP90 体系上观察到的现象：Fmax与Koff有相关性 和师姐讨论后，希望再找一些体系，看能不能还观察到相关性 HIV-1 protease 体系挑选 Relationships between Structure and Interaction Kinetics for HIV-1 Protease Inhibitors | Journal of Medicinal Chemistry 根
    MD 2025-02-24 09:36:00    zhouzhaoyin