2.17 HIV SMD

HSP90 体系上观察到的现象：Fmax与Koff有相关性
和师姐讨论后，希望再找一些体系，看能不能还观察到相关性

HIV-1 protease 体系挑选

Relationships between Structure and Interaction Kinetics for HIV-1 Protease Inhibitors | Journal of Medicinal Chemistry
根据这篇文献里39个抑制剂的koff/kon数据（同一批次），在koff 数量级均匀分布与kon/koff/kd无相关性 的 两个前提下，随机挑选7个体系如下
后面就是用这7个体系跑SMD 计算

文献检查

Relationships between Structure and Interaction Kinetics for HIV-1 Protease Inhibitors | Journal of Medicinal Chemistry
methods 里提到了 蛋白是突变体 Q7K "The Q7K mutant of HIV-1 protease was immobilized and stabilized on the sensor surface..."

初始构象获取

原始文献里没给晶体结构，只能去pdb检索了
scifinder 搜结构可以把一篇文献里的都找到
PDB 里可以搜结构式
以下内容尚未做 2025-2-17 22：18

配体高斯优化

  • # 23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/ligand
    • 

  • # 有复合物结构的两个体系已做过了高斯优化 Hiv-B409 <cnv>  Hiv-A047 PMF
    • 

  • # 直接cp/scp过来
    • 

  • # 其他体系配体结构去scifinder下载，找文献里的化合物，一起下载
Substance_20250218_1601.sdf
  • # 本地 2017 薛定谔ligprep
ligprep_hiv-1-7sys-ligand.rar
  • # 使用antechamber生成配体小分子参数（85.23）
    • 

  • # /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/ligand/g16
    • 


    • 

  • # ！！！！！！！！！！记得挨个检查电荷哇！！！！！！！
    • 

  • for i in `cat index`;do mkdir -p $i;cd $i;antechamber -i /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/ligand/schrodinger2017/${i}* -fi sdf -o $i.gjf -fo gcrt;sed -i '1,3d' $i.gjf;sed -i '1i %mem=4GB\n%nproc=4\n#B3LYP/6-31G* Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt' $i.gjf;cd ../;done
    • 


    • 

  • # 提交 高斯优化任务
    • 

  • (base) [dddc@localhost g16]$ jobs
    • 

  • [1]   Running                 nohup g16 A015.gjf &  (wd: /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/ligand/g16/A015)
    • 

  • [2]   Running                 nohup g16 A016.gjf &  (wd: /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/ligand/g16/A016)
    • 

  • [3]   Running                 nohup g16 A038.gjf &  (wd: /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/ligand/g16/A038)
    • 

  • [4]-  Running                 nohup g16 B347.gjf &  (wd: /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/ligand/g16/B347)
    • 

  • [5]+  Running                 nohup g16 B439.gjf &  (wd: /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/ligand/g16/B439)
  • for i in `cat index`;do cd $i;antechamber -i $i.log -fi gout -o $i.prep -fo prepi -c resp;parmchk2 -i $i.prep -f prepi -o $i.frcmod -a y;cd ../;done