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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • 2.22 思路整理
    2025 1月初 开始做HSP90 体系的SMD模拟，用的师姐的给的8个体系，这8个体系koff和kd相关性较差。 后来SMD模拟后,fmax和koff没啥相关性，但是去掉两个体系后，fmax和koff相关性很好，与kd没什么相关性。但此时忽略了一个点：去掉两个体系后，剩余6个体系koff与kd 各自取对数后，也有了一定的相关性（R2=0.6) 2025-1-10 至 2025-1-20 由于
    MD 2025-02-22 17:16:55    zhouzhaoyin
  • 2.22 HIV 5sys CMD
    CMD # CMD的目的是优化初始以及看看残基结合能分解从而确定用于跑SMD的牵引组 # 4090 /home/data/zzy/koff/smd/hiv-1/cmd/npt-100ns_cmd # 统一生成md.tpr sh do.sh # 85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hiv-1/cmd/from-hermite-cd cp ../..
    MD 2025-02-22 16:25:20    zhouzhaoyin
  • 2.19 HIV 5sys smina dock
    SMD 初始构象获取 只有两个体系有初始结构 两个思路： 根据复合物初始结构，将其他5个体系的配体align上去 将配体对接 对接 23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/sys-pre/complex/5sys-dock-cmd/dock # 受体为B409体系的apo（tleap），配体为NEWPDB.PDB，对接盒子由B4
    MD 2025-02-22 16:07:45    zhouzhaoyin
  • 2.20 HIV 5sys dock 7sys SMD
    SMD 初始构象获取 只有两个体系有初始结构 两个思路： 根据复合物初始结构，将其他5个体系的配体align上去 将配体对接 5个没有晶体结构的体系smina对接后，进行预平衡，得到npt.gro 2个有晶体结构的体系前期已经预平衡过了 由于对接能复现B409的晶体结构，所以尝试直接用对接得到的构象作为初始构象，跑SMD 输入文件 85.9 /home/databank/zzy/pro
    MD 2025-02-21 15:11:55    zhouzhaoyin
  • other
    share 2025-02-18 15:05:43    zhouzhaoyin
  • MD 实操细节
    20240925 周期性的处理方法： 在SMD模拟蛋白-配体解离的时候，由于配体解离，会超出周期性盒子，这时候，常规的 trjconv -pbc mol -ur compact + cpptraj rms 就不太好使了，尤其是 -ur compact 会让整个系统在视觉上看起来更加紧凑，尤其是当分子漂移较远时，它会将分子重新布局，使得分子彼此靠得更近 在这种特殊的模拟中 trjconv -pbc
    share 2025-02-18 15:03:13    zhouzhaoyin
  • MD 流程化
    2025-2-18 会议 课题负责人：夏超越 蛋白 6lk0fix_H.pdb 配体准备 使用antechamber生成配体小分子参数（85.23） lig_parameter_cal.py # 挨个检查电荷 for i in `cat index`;do rm -r $i;mkdir $i;cd $i;antechamber -i ../../../ligand/{input.sdf
    share 2025-02-18 15:02:21    zhouzhaoyin
  • 零星化合物购买流程
    转自徐老师的教程（原文档位置：零星化合物购买流程） 零星化合物购买五部曲： （1）在鹰谷（http://shop.integle.com/）上找到化合物（CAS号或者结构式检索），在鹰谷购买或联系具体公司的销售购买。不需要自己付费，让公司/销售给出发票。 （鹰谷中提供的信息不一定全面，可在PMS中提供的优质采购等商户中进一步详细检索） 登录PMS系统找到优质采购，优先从优质采购
    share 2025-02-18 11:23:25    tianyaxin