koff-part1 learn smd

20240826 阶段性工作目标:trypsin-5个抑制剂的koff计算模拟
5个抑制剂都有实验测得的kon/off值,看我们的计算结果如何
目前想做的流程是从单一复合物晶体结构出发,跑SMD,把配体从蛋白质口袋中拉出去,得到多个配体在蛋白进出口袋路线上的复合物构象