3.1 hiv smd

根据2.24，2.25与朱老师，乐云师姐的讨论
想做一个 “错误”初始构象出发的SMD模拟
10:44 提交hermite constraint dock 任务，ref 为 B439的smina对接结果，与晶体结构差距较大，如下图：蓝色为B409晶体结构构象，黄色为B439 hermite CD构象，红色为B439 smina dock构象
任务完成后，要gv-check，考虑等待流程化脚本出来了后再往下
先大致写一下流程：
  1. gv check 得 lig-${i}.pdb
  2. tleap 准备复合物体系
  3. gmx 预平衡
  4. SMD 模拟，参数与之前完全一致