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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • 12.4 网药-2
    成分信息收集 根据化湿败毒方中的14味中药材，收集2049个成分 hsbd-2049mol.smi 靶点信息收集 # ETCM数据库 寻找他们的已知靶标（确证+基于配体相似性的潜在靶点） # 85.3 /home/yqyang/zzy/hsbd/np/mgp/mol-targets/hsbd-mols-targets # do2.sh 的逻辑如下： 1. 根据 hsbd-20
    HSBD 2025-04-26 15:21:33    zhouzhaoyin
  • 4.9 md-write
    Initial structures for molecular dynamics simulation 比较活性位点对接结果和D3DOCK对接结果 75.2 /home/databank/zyzhou/project/hsbd/known-pkt (base) dddc@SR665-V3:/home/databank/zyzhou/project/hsbd/known-pkt$ grep -
    HSBD 2025-04-22 15:52:21    zhouzhaoyin
  • 4.17 discussion material
    Plpro-16012 结合位点的文献依据 Coronaviruses such as SARS-CoV-2 encode a conserved papain-like protease (PLpro) that is crucial for viral replication and immune evasion, making it a prime target for antiviral
    HSBD 2025-04-17 21:44:09    zhouzhaoyin
  • obabel
    计算重原子数 obabel vs Chemistry Toolkit Rosetta — Open Babel openbabel-3-1-1 documentation obabel frag_4.2_C2H5NO2.pdb -otxt --title "" --append atoms -d num=`obabel frag_4.2_C2H5NO2.pdb -otxt --title ""
    share 2025-04-17 12:04:39    zhouzhaoyin
  • 4.9 TRIP13 apo CMD
    23年2月份的vsREMD任务的mdp,top,npt.gro 原始文件位置： # mdp，npt.gro 23 /home/dddc/zzy/project/trip13/apo/2213 # top 23 /home/dddc/zzy/project/trip13/apo/220_pre 跟师姐讨论后，在新服务器上交5个1微秒的CMD，看看模拟结果 75.3 /home/data
    MD 2025-04-16 16:46:33    zhouzhaoyin
  • 4.11 pl monomer
    75.3 /home/data/zyzhou/project/hsbd/2025-4bioactive cp -r sys-pre/ 2sys-pl-monomer 蛋白准备 本次重新准备，全部选用 D3Docking 库中的 受体结构文件（pdb) - pdb2pqr 75.3 /home/data/zyzhou/project/hsbd/2025-4bioactive/2sys-pl-m
    HSBD 2025-04-14 18:31:44    zhouzhaoyin
  • gmx2024
    env 4090 source /home/dddc/zzy/env/gmx-2024.4-gpu.sh v100 source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh 75.2 (cpu) 75.2 /home/databank/zyzhou/software/gmx/gmx_2024 # 下载 Downloads - GROMACS 2024.4 documentation #
    MD 2025-04-12 15:05:55    zhouzhaoyin
  • MD dataset
    MD 2025-04-09 20:02:29    zhouzhaoyin