gmx2024

env

75.4

export LD_LIBRARY_PATH=/home/dddc/zyzhou/software/openmpi/openmpi-5.0.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH

75.6 / 75.5

75.5 /home/dddc/software/gmx/v_2024.4
# 安装包scp (源文件来自8-4090） 
scp 172.21.75.3:/home/dddc/zyzhou/software/gmx2024/* ./


# 0716 卢瑞师妹安装好了conda
# 将75.3上面的 conda 环境 md_traj_analysis 复制过来
# 75.3 生成已经安装好的环境的包列表
scp 172.21.75.3:/home/dddc/zyzhou/env/md_traj_analysis_conda_env.txt ./
mv md_traj_analysis_conda_env.txt  md_traj_analysis_conda_env_from_75.3.txt


# 根据包列表克隆环境（注意，要更改~/.condarc文件或指定channels,这里手动指定与75.3 ~/.condarc 一致的channels)
conda create --override-channels   -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge   -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free   -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main   -c https://repo.anaconda.com/pkgs/main   -c https://repo.anaconda.com/pkgs/r   --name md_traj_analysis   --file md_traj_analysis_conda_env_from_75.3.txt


conda activate md_traj_analysis
# 经检查，openmpi 还得在安装一下（cmake报错：没找到对应的包）
conda install conda-forge::openmpi


# 要指定CUDA路径
export PATH=/usr/local/cuda-12.9/bin:$PATH
export LD_LIBRARA_PATH=/usr/local/cuda-12.9/lib64:${LD_LIBRARY_PATH}

tar xvf gromacs-2024.4.tar.gz
cd gromacs-2024.4
mkdir build 
cd build


### 编译
## -DGMX_SIMD参数的选择，看Installation guide — GROMACS 2022 documentation
## 用下面的命令可以看本机支持的版本，选择和安装指导中共有的参数即可
cat /proc/cpuinfo | grep flags
# 实际操作中，无需人工指定，GMX 会自己选择最优解


# 注意更改路径
# 75.6
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/dddc/software/gmx/v_2024.4/gromacs-2024.4/install -DGMX_GPU=CUDA -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on -DGMX_MPI=on
# 75.5（需要指定 -DCMAKE_CXX_COMPILER等参数，否则cmake不通过）
cmake .. -DCMAKE_CUDA_COMPILER=/usr/local/cuda-12.9/bin/nvcc -DCMAKE_CUDA_HOST_COMPILER=/usr/bin/g++-12 -DCMAKE_CUDA_ARCHITECTURES=89 -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++-12 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/dddc/software/gmx/v_2024.4/gromacs-2024.4/install -DGMX_GPU=CUDA -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on -DGMX_MPI=on

• 75.6 编译完成
• 75.5 /usr/bin 里缺少 c++，g++ 编译无法通过等待张老师装包

## 根据服务器空闲核数设置参数
make -j 50 
make install -j 50                                                                               
# 环境变量设置 
# gmx2024
# 命令行输入以下命令
export PATH=/home/dddc/software/gmx/v_2024.4/gromacs-2024.4/install/bin:$PATH
export LD_LIBRARA_PATH=/home/dddc/software/gmx/v_2024.4/gromacs-2024.4/install/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
# 测试通过，写入环境变量 ~/.gmx2024.4.sh


# 测试
which gmx_mpi


# 测试路径（直接用于MD数据集）
# 75.6 /home/dddc/MD_traj_dataset/D3PM/0713_6-10_pair/1um_cmd/3zv8_A_pair9/md1
# 75.5 /home/dddc/MD_traj_dataset/D3PM/0713_6-10_pair/3zv9_A_pair9/md1
# 2025-0717 10：15 75.6 编译完成，测试通过
# 2025-0717 11：56 75.5 编译完成，测试通过

• 2025-08-09 测试发现一定要指定openmpi 库，不然gmx 无法正常启动
• 75.4-6 全部重新装了openmpi conda install conda-forge::openmpi --force-reinstall
• export LD_LIBRARY_PATH=/home/dddc/software/miniforge3/envs/md_traj_analysis/lib/:$LD_LIBRARY_PATH

75.2 (cpu)

75.2 /home/databank/zyzhou/software/gmx/gmx_2024
# 下载 Downloads - GROMACS 2024.4 documentation
# 安装包源自4090 wget的下载结果
scp 172.21.75.3:/home/dddc/zyzhou/software/gmx2024/* ./


# 装了2024-10 版本的Anaconda3，创了个环境


tar xvf gromacs-2024.4.tar.gz
cd gromacs-2024.4
mkdir build 
cd build


### 编译
## -DGMX_SIMD参数的选择，看Installation guide — GROMACS 2022 documentation
## 用下面的命令可以看本机支持的版本，选择和安装指导中共有的参数即可
cat /proc/cpuinfo | grep flags


cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/databank/zyzhou/software/gmx/gmx_2024/gromacs-2024.4/install -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on -DGMX_MPI=on


## 根据服务器空闲核数设置参数
make -j 50 
make install -j 50                                                                               
# 环境变量设置 
# gmx2024
# 命令行输入以下命令
export PATH=/home/databank/zyzhou/software/gmx/gmx_2024/gromacs-2024.4/install/bin/:$PATH
export LD_LIBRARA_PATH=/home/databank/zyzhou/software/gmx/gmx_2024/gromacs-2024.4/install/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
export RDMAV_FORK_SAFE=1


# 测试
which gmx_mpi


# 环境变量
source ~/zyzhou/env/gmx2024.sh


# 测试 /home/dddc/zyzhou/project/hsbd/2025-4bioactive/cmd/100ns/56083-03-5-dock-3CL/1
export RDMAV_FORK_SAFE=1

75.3 (8-4090)

75.3 /home/dddc/zyzhou/software/gmx2024
# 下载 Downloads - GROMACS 2024.4 documentation
# 安装包源自4090 wget的下载结果


conda activate md_traj_analysis


tar xvf gromacs-2024.4.tar.gz
cd gromacs-2024.4
mkdir build 
cd build


### 编译
## -DGMX_SIMD参数的选择，看Installation guide — GROMACS 2022 documentation
## 用下面的命令可以看本机支持的版本，选择和安装指导中共有的参数即可
cat /proc/cpuinfo | grep flags


cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/dddc/zyzhou/software/gmx2024/gromacs-2024.4/install -DGMX_GPU=CUDA -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on -DGMX_MPI=on


## 根据服务器空闲核数设置参数
make -j 50 
make install -j 50                                                                               
# 环境变量设置 
# gmx2024
# 命令行输入以下命令
export PATH=/home/dddc/zyzhou/software/gmx2024/gromacs-2024.4/install/bin/:$PATH
export LD_LIBRARA_PATH=/home/dddc/zyzhou/software/gmx2024/gromacs-2024.4/install/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
export RDMAV_FORK_SAFE=1


# 测试
which gmx_mpi


# 环境变量
source ~/zyzhou/env/gmx2024.sh


# 测试 /home/dddc/zyzhou/project/hsbd/2025-4bioactive/cmd/100ns/56083-03-5-dock-3CL/1
export RDMAV_FORK_SAFE=1

4090

75.1 /home/data/zzy/software/gmx2024


# 下载 Downloads - GROMACS 2024.4 documentation
wget ftp://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2024.4.tar.gz


# 安装 Installation guide - GROMACS 2024.4 documentation


conda activate openmpi


tar xvf gromacs-2024.4.tar.gz
cd gromacs-2024.4
mkdir build 
cd build


### 编译
## -DGMX_SIMD参数的选择，看Installation guide — GROMACS 2022 documentation
## 用下面的命令可以看本机支持的版本，选择和安装指导中共有的参数即可
cat /proc/cpuinfo | grep flags


export PATH=/home/dddc/zzy/software/cmake-3.28/prefix/bin:$PATH
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/data/zzy/software/gmx2024/gromacs-2024.4/install -DGMX_GPU=CUDA -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on -DGMX_MPI=on


## 根据服务器空闲核数设置参数
make -j 50 
make install -j 50                                                                               


# 环境变量设置 
# gmx2022 
# 命令行输入以下命令
export PATH=/home/data/zzy/software/gmx2024/gromacs-2024.4/install/bin/:$PATH
export LD_LIBRARA_PATH=/home/data/zzy/software/gmx2024/gromacs-2024.4/install/lib:${LD_LIBRARY_PATH}


# 测试
which gmx_mpi


# 环境变量
source /home/dddc/zzy/env/gmx-2024.4-gpu.sh


# 测试 /home/data/zzy/people/xcy/20250109/pre-bal/mdtest

V100

85.9 /home/databank/zzy/software/gmx2024.4
scp dddc@172.21.75.1:/home/data/zzy/software/gmx2024/* ./
tar xvf gromacs-2024.4.tar.gz
cd gromacs-2024.4
mkdir build 
cd build

# 安装 cmake
# 该服务器上的默认cmake版本不够
(base) [chpeng@localhost build]$ cmake --version
cmake version 3.17.3 


cd /home/databank/zzy/software/cmak
Releases · Kitware/CMake cmake-3.31.4-linux-x86_64.tar.gz
tar xzvf cmake-3.31.4-linux-x86_64.tar.gz


export PATH=/home/databank/zzy/software/cmake/cmake-3.31.4-linux-x86_64/bin:$PATH


# 查看版本（检验）
(ljt) [chpeng@localhost cmake-3.31.4-linux-x86_64]$ cmake --version
cmake version 3.31.4

# 2024 需要 GCC 9以上
conda activate gcc_12
# 85.9 默认cuda(nvcc)是11.3，不支持10以上的gcc
# ls /usr/local/ 发现该服务器有高版本CUDA，可直接调用
export PATH=/usr/local/cuda-12.4/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-12.4/lib64:$LD_LIBRARY_PATH


(gcc_12) [chpeng@localhost build]$ nvcc --version
nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver
Copyright (c) 2005-2024 NVIDIA Corporation
Built on Thu_Mar_28_02:18:24_PDT_2024
Cuda compilation tools, release 12.4, V12.4.131
Build cuda_12.4.r12.4/compiler.34097967_0

### 编译
# -DGMX_SIMD=AVX2_256 报错

# 将问题定位为 fftw 不支持AVX2，因此，在cmake时去掉 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on，在conda下自己装一个fftw
conda install fftw


cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/databank/zzy/software/gmx2024.4/gromacs-2024.4/install -DGMX_GPU=CUDA -DGMX_SIMD=AVX_512 -DGMX_MPI=on


# 服务器上原有gmx2022配置：
SIMD instructions:  AVX2_256
CPU FFT library:    fftw-3.3.8-sse2-avx-avx2-avx2_128
C compiler:         /usr/local/bin/gcc GNU 10.4.0
CUDA compiler:      /usr/local/cuda-11.3/bin/nvcc：


## 根据服务器空闲核数设置参数
make -j 20 （这一步报错）
make install -j 20                                                                               


# 环境变量设置 
# gmx2024.4 
# 命令行输入以下命令
export PATH=/home/databank/zzy/software/gmx2024.4/gromacs-2024.4/install/bin/:$PATH
export LD_LIBRARA_PATH=/home/databank/zzy/software/gmx2024.4/gromacs-2024.4/install/lib64:${LD_LIBRARY_PATH}


# 测试
(base) [chpeng@localhost gromacs-2024.4]$ which gmx_mpi
/home/databank/zzy/software/gmx2024.4/gromacs-2024.4/install/bin/gmx_mpi


(base) [chpeng@localhost gromacs-2024.4]$ gmx_mpi -h
                       :-) GROMACS - gmx_mpi, 2024.4 (-:


Executable:   /home/databank/zzy/software/gmx2024.4/gromacs-2024.4/install/bin/gmx_mpi
Data prefix:  /home/databank/zzy/software/gmx2024.4/gromacs-2024.4/install
Working dir:  /home/databank/zzy/software/gmx2024.4/gromacs-2024.4
Command line:
  gmx_mpi -h


# 写入环境变量
source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh


# 测试