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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • d3dock(carp)
    172.21.85.23 conda activate rdkit nohup bash /home/databank/database/d3carp/scripts/1-Docking_TP.sh -l /home/databank/ydn/d3carp-docking/workdir/test/JST181.mol2 -t /home/databank/ydn/d3carp-docking
    share 2025-05-14 10:17:50    zhouzhaoyin
  • MD GPU speed test
    2024-05-15 不同GPU性能比较 # 测试了组内目前有的3090，v100，4090的性能，测试了单任务/多任务情况下的性能 结论：对于 CMD任务 4090>v100≈3090 2025-1-14：实际上，gmx安装编译时用的指令集会对软件性能造成影响 4090 172.21.75.1 /home/dddc/zzy/test/0515-gmx/single-gpu-Multi
    MD 2025-05-12 15:58:46    zhouzhaoyin
  • vsREMD plus
    MD 2025-05-12 15:58:26    zhouzhaoyin
  • SMD
    MD 2025-05-12 15:57:52    zhouzhaoyin
  • smd to pmf
    2023 amber 手册 25.5.1 SMD # 172.21.75.1 /home/data/zzy/koff/smd/pmf
    MD 2025-05-12 10:07:10    luoruitong
  • command
    代码思路 1.先明确想做的事，人该怎么做 2.写伪代码，小规模测试 3.写正常代码（可以尝试GPT） 跨服务器传输 rsync -rzP dddc@172.21.85.23:/home/databank_70t/zzy/project/trip13/vsREMD-500n/ python argparse 需要有argparse包 #!/usr/bin/env python3 imp
    share 2025-05-09 14:58:56    zhouzhaoyin
  • 4.29 check
    54. Pan, P.; Ge, W.; Lei, Z.; Luo, W.; Liu, Y.; Guan, Z.; Chen, L.; Yu, Z.; Shen, M.; Hu, D. J. S. T.; Therapy, T., SARS-CoV-2 N protein enhances the anti-apoptotic activity of MCL-1 to pro
    HSBD 2025-05-09 12:18:05    zhouzhaoyin
  • 4.24 last
    abstract 由于SARS-CoV-2变异株不断出现以及SARS-CoV-2感染带来的后遗症，SARS-CoV-2仍是全球持续关注的健康问题。化湿败毒汤是经批准的SARS-CoV-2治疗方剂，在临床上被证明具有广泛的疗效，但其抗病毒机制尚不清楚。本文，我们整合了网络药理学、深度学习靶点预测、基于配体的相似性分析、多构象虚拟筛选、酶抑制试验和分子动力学模拟，从HSBD作用于宿主和病毒靶点两个角度
    HSBD 2025-04-28 20:10:12    zhouzhaoyin