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  • fix
    GLN110,TYR268 突变实验 TYR268 突变实验（Y268A）有被报道 Schaftoside inhibits 3CLpro and PLpro of SARS-CoV-2 virus and regulates immune response and inflammation of host cells for the treatment of COVID-19 - Scienc
    HSBD 2025-05-26 15:02:00    zhouzhaoyin
  • xxx
    MD 2025-05-26 09:38:46    zhouzhaoyin
  • 5.15 Q&A jawang
    如果现在要做一个CMD轨迹数据集，您认为什么样的力场组合较为合适？ff14SB+Gaff2?盒子大小设置为10A？ 师姐问过了，都是这样的 我们从同一个蛋白的两种晶体结构出发分别进行CMD模拟（1微秒 3），两个结构一个是apo结构，另一个是复合物结构，两个结构的配体结合口袋有较大的不同。我们希望比较他们的CMD轨迹。 CMD模拟基于晶体结构构建初始结构的时候，配体结合口袋存在硫酸根离子
    MD 2025-05-26 09:38:27    zhouzhaoyin
  • D3PM
    布局 # 75.3 # D3PM MD轨迹数据集构建前期工作中，首先测试了MD自动化流程，现在该流程可用，详细内容见对应的笔记 # 输入的体系需要自己手动准备，准备工作统一在sys-pre中进行 (base) dddc@ubuntu:/home/data/zyzhou/project/D3PM$ ls sys-pre test-MD-auto workdir # MD体系构建-
    MD 2025-05-26 09:28:04    zhouzhaoyin
  • 5.20 MD auto test
    脚本改了几个版本，算是解决了一些问题，最后批量提交不同模样体系的时候发现一些问题： pre_equ.py 貌似只能处理与 GPU_DEVICES 参数指定的GPU数量同样的文件夹。 这还蛮不方便的 5-20 12：48 mode 0 测试通过 75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/test-MD-auto/test/mode0 5-20 17：05 mod
    MD 2025-05-20 19:09:34    zhouzhaoyin
  • 5.12-16 MD auto test & modify
    标注解读 git上版本存在的问题 zyzhou的修改 zyzhou修改后待解决/优化的残余问题（时间关系，先以跑通流程为首要目标） 待解决问题汇总 mdp 需要进一步核对 amber_to_gmx-add_restraint.py 调试的时候输出了一大堆debug信息，后续需要从脚本中将其删除 pre_equ.py 程序运行完成后无法退出 total_control.py 自动判断每个文件夹
    MD 2025-05-19 15:54:25    zhouzhaoyin
  • 5.12 standrad system 3N0Y_2FJT
    从PDB网站中查看该结构具体信息 发现该体系中存在一个非标准氨基酸CSX，无二硫键 判断非标准氨基酸是否需要处理 非标准氨基酸的一些考虑： 该氨基酸是否是结晶所需？若是，AMBER tutorials建议将其转换为标准氨基酸”you need to modify the resulting gfp.pdb file to convert the MSE residues (selenomet
    MD 2025-05-16 16:00:06    zhouzhaoyin
  • 2.26-3.17 HSP90 33sys
    体系准备 根据师姐发给我的文件表1“70个体系”（实际为37行），其中2VCI,5NYI koff无具体实验数据，不纳入后续测试体系。6EFU不是HSP90，6EY8，5J86都出现了两次，经检查，原文献中也出现了两次，都是koff数据两个不同的配体写了同一个PDB ID，根据PDB结构进行比对，将配体匹配的那个数据保留，另一个删去。处理后剩余32个体系。 2.26 向git上传了33个体系是
    MD 2025-05-14 19:51:59    zhouzhaoyin