modification

atom_name_check.py

75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/test-MD-auto/raw_test_modify/pre_equ_modify/pro_clean
# 在测试中发现当氢原子穿插出现在 SDF 文件中 时不能正确匹配和更新非氢原子的坐标
# 已做了修改，可以正确处理该情况下的配体

lig_parameter_cal.py