Schrodinger
172.21.75.1 (4090) /home/dddc/zzy/software
原文件位置：172.21.85.23 /home/dddc/software/Schrodinger_Suites_2021-2_Linux-x86_64
现有bug
2021版本的薛定谔在 21 和 4090 均出现了图形化界面无法显示图像的问题
文件传输
- scp -r dddc@172.21.85.23:/home/dddc/software/Schrodinger_Suites_2021-2_Linux-x86_64 ./。/
安装
- 172.21.75.1
- cd /home/dddc/zzy/software/Schrodinger_Suites_2021-2_Linux-x86_64
- ./INSTALL
- # 选择安装目录
- /home/dddc/zzy/software/schrodinger_2021-2
- # Scratch directory (要在默认安装后自己创建）
- /home/dddc/zzy/software/schrodinger_2021-2/scratch
- /home/jawang/zzy/software/schrodinger_2021-2/scratch
- # 安装的每个板块的版本
- # patcher
- scp dddc@172.21.85.23:/home/dddc/software/Schrodinger_Suites_2021-2/patcher ./
- ./pather
- ./patcher: error while loading shared libraries: libgdk_pixbuf-2.0.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
- ./patcher: error while loading shared libraries: libgtk-x11-2.0.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
- 联系张老师： sudo 安装相应的包后可以运行，出现图形化界面
配置环境变量
- # 先在命令行中直接运行这三条命令
- export SCHRODINGER="/home/dddc/zzy/software/schrodinger_2021-2/"
- alias maestro="/home/dddc/zzy/software/schrodinger_2021-2/maestro"
- export PATH=$PATH:"/home/dddc/zzy/software/schrodinger_2021-2/":"/home/dddc/zzy/software/schrodinger_2021-2/utilities/"
- # 172.21.85.8
- export SCHRODINGER="/home/jawang/zzy/software/schrodinger_2021-2/"
- alias maestro="/home/jawang/zzy/software/schrodinger_2021-2/maestro"
- export PATH=$PATH:"/home/jawang/zzy/software/schrodinger_2021-2/":"/home/jawang/zzy/software/schrodinger_2021-2/utilities/"
- 原始记录：
- maestro第一次运行测试报错 （图形化界面报错，命令行可以正常使用）
- # 如果可以成功打开，再写入一个新的sh ，作为相应的环境变量
- vi ~/zzy/env/schrodinger_2021-2.sh
debug记录
安装后，命令行可运行schrodinger_2021-2, 图形化界面报错
出现了由于多个库搜不到的报错。张老师使用root权限完成了debug，思路简单记录如下：
- 缺什么包装什么，root或者conda 都可以，conda装的话，使用时需要激活相应的环境；
- 如果出现下图所示的报错，可能是搜索路径不对，需要添加一个软连接
- # 上图的报错是驱动没在默认路径下找到
- # 需要管理员权限设置该链接
- locate swrast_dri.so
- # 由于是驱动，软连接设置在 swrast_dri.so 的上级目录 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/dri 即可
- ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/dri /usr/lib/dri
- # 这个dddc就可以 记得备份
- mv /home/dddc/zzy/software/schrodinger_2021-2/mmshare-v5.4/lib/Linux-x86_64/libstdc++.so.6 /home/dddc/zzy/software/schrodinger_2021-2/mmshare-v5.4/lib/Linux-x86_64/libstdc++.so.6.bak
- ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 /home/dddc/zzy/software/schrodinger_2021-2/mmshare-v5.4/lib/Linux-x86_64/libstdc++.so.6