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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • koff dataset SMD
    680个复合物体系 探索过程 PDBbind koff 数据集下载下来有两个文件夹 after_md initial_structure initial_structure 是从晶体结构收集的，如果配体没有复合物结构，用对接获得坐标 after_md 是跑了 2ns 限制性MD后的结果 initial_structure 里的配体结构都有挺多问题的 如 5j86_ligand_30_5
    MD 2025-06-05 15:17:05    zhouzhaoyin
  • Schrodinger
    https://downloadly.net/2020/20/7589/03/schrodinger-suites/00/?#/7589-schrodin-062201061413.html薛定谔安装包下载网站 172.21.75.1 (4090) /home/dddc/zzy/software 原文件位置：172.21.85.23 /home/dddc/software/Schrodinge
    share 2025-06-05 11:53:56    zhouzhaoyin
  • modification
    atom_name_check.py 75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/test-MD-auto/raw_test_modify/pre_equ_modify/pro_clean # 在测试中发现当氢原子穿插出现在 SDF 文件中 时不能正确匹配和更新非氢原子的坐标 # 已做了修改，可以正确处理该情况下的配体 lig_parameter_cal.py
    MD 2025-06-04 19:00:22    zhouzhaoyin
  • 课题组服务器信息
    登新服务器前需要的知识： 熟练使用shell常用命令（ls , cd , pwd , mv , top , ps 等） 对服务器的cpu数目，线程数，任务管理有基本认识 环境变量的基本认识 conda的基本操作 以下内容由乐云师姐首次整理，后续课题组成员陆续补充维护 欢迎大家对本页进行持续更新维护 账号密码 75.3(2025.03.14,4090 8) 172.21.75.3 d
    share 2025-06-03 16:06:45    zhouzhaoyin
  • pH condition for MD traj Dataset
    PDBBind 使用的是中性条件 “For convenience, the “standard” protonation states at neutral pH were applied to the amino acid residues on the protein side. Thus, Asp, Glu, and His residues were negatively charge
    MD 2025-05-28 15:05:21    zhouzhaoyin
  • fix
    GLN110,TYR268 突变实验 TYR268 突变实验（Y268A）有被报道 Schaftoside inhibits 3CLpro and PLpro of SARS-CoV-2 virus and regulates immune response and inflammation of host cells for the treatment of COVID-19 - Scienc
    HSBD 2025-05-26 15:02:00    zhouzhaoyin
  • 5.15 Q&A jawang
    如果现在要做一个CMD轨迹数据集，您认为什么样的力场组合较为合适？ff14SB+Gaff2?盒子大小设置为10A？ 师姐问过了，都是这样的 我们从同一个蛋白的两种晶体结构出发分别进行CMD模拟（1微秒 3），两个结构一个是apo结构，另一个是复合物结构，两个结构的配体结合口袋有较大的不同。我们希望比较他们的CMD轨迹。 CMD模拟基于晶体结构构建初始结构的时候，配体结合口袋存在硫酸根离子
    MD 2025-05-26 09:38:27    zhouzhaoyin
  • 5.20 MD auto test
    脚本改了几个版本，算是解决了一些问题，最后批量提交不同模样体系的时候发现一些问题： pre_equ.py 貌似只能处理与 GPU_DEVICES 参数指定的GPU数量同样的文件夹。 这还蛮不方便的 5-20 12：48 mode 0 测试通过 75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/test-MD-auto/test/mode0 5-20 17：05 mod
    MD 2025-05-20 19:09:34    zhouzhaoyin