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  • part1
    MD 2025-10-29 18:43:55    zhouzhaoyin
  • Schrodinger
    不同服务器上的版本及使用方法 172.21.75.1 （4090） # 版本2021-2 （DeepChem) source ~/zzy/env/schrodinger_2021-2.sh maestro 172.21.85.2 （3090） # 版本2018 conda activate maestro 172.21.85.24 # 版本2018 source ~/
    share 2025-10-27 15:42:03    zhouzhaoyin
  • fpocket/D3pocket
    fpocket 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/crystal_redock/inital_structure 撰写了脚本do3.sh 功能如下： 对apo/complex结构进行fpocket 计算 计算complex 中的配体坐标与fpocket 产生每个口袋之间的欧几里得距离 离配体距离最短的fpocket 口袋被识
    MD 2025-10-27 14:56:51    zhouzhaoyin
  • 共价MD
    2025-10-26 摸索 按照非标准氨基酸的思路进行处理 ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/files/cro.prepin 以4ZTB-YT1551体系为例，共价抑制剂YT1551结合在478CYS上，思路是把共价配体视作478CYS的非天然修饰部分 相关文件可见23服务器 23 /home/databank_70t/zzy/people/hlxia
    share 2025-10-26 23:10:50    zhouzhaoyin
  • D3Similarity
    172.21.85.12 # 2D Similarity using openbabel with Tanimoto coefficient (Tc) values # use MolShaCS to evalute the 3D-similarity 75.4/75.5/75.6 # 75.4/75.5/75.6 /home/dddc/zyzhou/d3carp/Ligand_si
    share 2025-10-24 17:30:10    zhouzhaoyin
  • 天然产物检索
    注：默认已有化合物结构（如smiles） scifinder 网址：https://scifinder-n.cas.org/search/substance/ 最全，如果这个查不到，大概率结构错了 可用于查找化合物相关的文献 cnki kingdraw 网址：baike.kingdraw.com/Scripts/app/index.html?lang=zh-cn 可根据smiles直接检索
    share 2025-10-20 19:17:44    zhouzhaoyin
  • 中药相关网站
    中药材图片 中药饮片炮制彩色图谱-知网星空·心可书馆
    share 2025-10-16 17:36:31    zhouzhaoyin
  • 数据集原始 mol2
    高斯优化 23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/pdbbind_dataset 24
    MD 2025-10-10 15:02:19    zhouzhaoyin