Schrodinger
不同服务器上的版本及使用方法
172.21.75.1 （4090）
- # 版本2021-2 （DeepChem)
- source ~/zzy/env/schrodinger_2021-2.sh
- maestro
172.21.85.2 （3090）
- # 版本2018
- conda activate
- maestro
172.21.85.24
- # 版本2018
- source ~/zzy/env/zzy.sh
- maestro
- /home/lywu/software/Schrodinger_Suites_2018/ligprep -WAIT -epik -W e,-ph,7.0,-pht,0.0 -g -isd [input_ligand] -osd [output_ligand]
172.21.85.23
- # 版本2018
- maestro
- # 版本2021
- source ~/zlp/maestro_2021.sh
- maestro
命令行
使用起来比图形化界面更轻便 且部分板块支持for 循环，建议使用绝对路径+模块的形式调用。例如：
- /home/dddc/zzy/software/schrodinger_2021-2/ligprep
- # 后面正常接 -isdf -osd ,完整例子如下“ligprep”所示
ligprep
- # 以85.24 为例
- source ~/zzy/env/zzy.sh
- /home/dddc/zzy/software/schrodinger_2021-2/ligprep -WAIT -epik -W e,-ph,7.0,-pht,0.0 -g -isd 3mol-fep-test.sdf -osd 1.sdf
- for i in
`cat index`;do /home/dddc/zzy/software/schrodinger_2021-2/ligprep -WAIT -epik -W e,-ph,7.0,-pht,0.0 -g -isd $i.sdf -osd $i-out.sdf;done
格式转换
格式转换不改变任何信息，仅是转成mae便于后续操作
- # 以85.24 为例
- source ~/zzy/env/zzy.sh
- # sdf转mae
- $SCHRODINGER/utilities/structconvert 1nvq-lig.sdf 1nvq-lig.mae
- # pdb转mae
- $SCHRODINGER/utilities/structconvert 1nvq_A-pdb2pqr.pdb 1nvq_A-pdb2pqr.mae
结构合并
常用的场景是把蛋白和配体进行组合，便于后续自动生成grid
- # 以85.24 为例
- $SCHRODINGER/utilities/structcat -o complex.mae 1nvq_A-pdb2pqr.mae 1nvq-lig.mae