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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • 进度记录
    体系挑选 体系准备 v100 /home/databank/zzy/project/D3PM 0707 v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0630 # 对应的5对体系已完成准备,tpr已生成（75.3） MD任务 75.3 /home/data/zyzhou/project/D3PM/0630-5apo-system/1um_cmd/
    MD 2025-10-06 14:35:17    zhouzhaoyin
  • 课题组服务器信息
    登新服务器前需要的知识： 熟练使用shell常用命令（ls , cd , pwd , mv , top , ps 等） 对服务器的cpu数目，线程数，任务管理有基本认识 环境变量的基本认识 conda的基本操作 以下内容由乐云师姐首次整理，后续课题组成员陆续补充维护 欢迎大家对本页进行持续更新维护 账号密码 75.3(2025.03.14,4090 8) 172.21.75.3 d
    share 2025-10-02 10:14:39    zhouzhaoyin
  • 共价对接
    共价对接教程 教程贡献者：韩子涧师兄 Covalent Docking 如果没有找到需要的反应类型，可以选择从官网下载其他反应类型，并从外部读入： https://www.schrodinger.com/science-articles/covdock 注意，这里设置好以后要在左侧列表中多选选中对接体系和准备好的分子，再run A.实际使用时Fast一直报错，Thoro
    share 2025-09-22 15:48:41   
  • 9.21 batch5
    体系挑选 自batch3开始，为了快速从D3PM中寻找简单体系去跑起来，使用了更高效的挑选方式： 一次性下载大量PDB结构，检查结构里的配体，挑出没磷酸根的体系记录离子，记录二硫键的体系 打开X个体系（50个以上会卡）到pymol
    MD 2025-09-20 13:26:17    zhouzhaoyin
  • 9.8 batch4
    体系挑选 自batch3开始，为了快速从D3PM中寻找简单体系去跑起来，使用了更高效的挑选方式： 一次性下载大量PDB结构，检查结构里的配体，挑出没磷酸根的体系记录离子，记录二硫键的体系 蛋白检查 & 清洗 PDBfixer 75.5 /home/databank/zyzhou/project/d3pm/batch4/protein_preparation # 将batch4的体系一
    MD 2025-09-16 15:20:28    zhouzhaoyin
  • 8.19 batch3
    体系挑选 讨论 有三个体系暂且不做 蛋白检查 & 清洗 PDBfixer 75.5 /home/databank/zyzhou/project/d3pm/batch3/protein_preparation # 将需要下载的pdb id 上传pdb网站，进行批量下载，解压后 # 文件放于/home/databank/zyzhou/project/d3pm/b
    MD 2025-09-13 14:32:48    zhouzhaoyin
  • 轨迹处理&分析
    周期性处理 gmx -pbc mol -ur compact （-s 接tpr）（配位离子需要保留，保留溶质组）（保留输出轨迹） output file 命名：dry.xtc cpptraj autoimage （parm prmtop）（保留输出轨迹） output file 命名：dry-autoimage.xtc RMSD 大致检查周期性处理情况 全原子叠合 全原子计算 gmx
    MD 2025-09-11 15:12:25    zhouzhaoyin
  • 2.19 HIV 5sys align to crystal
    SMD 初始构象获取 只有两个体系有初始结构 两个思路： 根据复合物初始结构，将其他5个体系的配体align上去 将配体对接 薛定谔的flexible alignment 只考虑了配体，叠合后配体会与蛋白有碰撞 Hermite FEP 在构建微扰图之前，可以进行constraint dock，从之前的经验看符合要求，进行尝试 上传蛋白（apo) 上传配体 晶体结构配体只提供坐标信息，
    MD 2025-09-09 15:26:26    zhouzhaoyin