fpocket/D3pocket
fpocket
- 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/crystal_redock/inital_structure
撰写了脚本do3.sh 功能如下：
- 对apo/complex结构进行fpocket 计算
- 计算complex 中的配体坐标与fpocket 产生每个口袋之间的欧几里得距离
- 离配体距离最短的fpocket 口袋被识别为配体结合口袋
- 将这个口袋的性质输出到 fpocket_d3pm_result.txt 中
由于apo 的坐标原来并不一定与complex 叠合，导致这样判断配体口袋出错，需要叠合（几周前没能成功），这次使用pymol 叠合，取得了较好的效果（无需两个蛋白序列长度完全一致也能较好叠合）。
pymol 蛋白叠合
- 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/crystal_redock/pymol-align
结果小结
- fpocket的口袋识别结果并不一定好，并不是每个配体结合口袋都被识别了
- 部分配体结合口袋较大，fpocket 将其识别为多个小口袋
- fpocket 识别的口袋过大
- 将离配体距离最短的fpocket 口袋识别为配体结合口袋有时会出错（具体原因待检查）
4HTZ
