共价MD
2025-10-26 摸索
按照非标准氨基酸的思路进行处理 ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/files/cro.prepin
以4ZTB-YT1551体系为例，共价抑制剂YT1551结合在478CYS上，思路是把共价配体视作478CYS的非天然修饰部分
相关文件可见23服务器
- 23 /home/databank_70t/zzy/people/hlxia
准备初始结构
该体系中，蛋白（PDB ID：4ZTB）本身不含配体，可通过共价对接获取配体与蛋白共价结合的构象
共价抑制剂-结合位点MD参数化
把共价抑制剂（YT1551）和CYS478保存为一个sdf文件 4ZTB-CYS.sdf并对其进行质子化预测
- # 172.21.85.23 薛定谔质子化预测
- ~/software/Schrodinger_Suites_2021-2/ligprep -R e -epik -ph 7.0 -pht 0.0 -isd YT1551-CYS.sdf -osd YT1551-CYS-ligprep.sdf
- # 生成高斯输入文件 YT1551-CYS.gjf
- antechamber -i ligprep/YT1551-CYS-ligprep.sdf -fi sdf -o YT1551-CYS.gjf -fo gcrt
- sed -i '1,3d' YT1551-CYS.gjf
- sed -i '1i %mem=4GB\n%nproc=4\n#B3LYP/6-31G* Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt' YT1551-CYS.gjf
- # 提交高斯优化任务
- nohup g16 YT1551-CYS.gjf &
高斯优化完成后会得到 YT1551-CYS.log，基于这个输出文件拟合MD参数
- antechamber -fi gout -i YT1551-CYS.log -fo ac -o YT1551_CYS.ac -c resp -at amber -rn YT1551_CYS
手动制作 YT1551_CYS.mc
- prepgen -i YT1551_CYS.ac -o YT1551_CYS.prepin -m YT1551_CYS.mc -rn YT1551_CYS
- parmchk2 -i YT1551_CYS.prepin -f prepi -o frcmod.YT1551_CYS -a Y -p /home/dddc/software/amber18/dat/leap/parm/parm10.dat
- grep -v "ATTN" frcmod.YT1551_CYS > frcmod1.YT1551_CYS
- parmchk2 -i YT1551_CYS.prepin -f prepi -o frcmod2.YT1551_CYS
这边的步骤amber教程讲的很清楚 Amber Basic Tutorials - Tutorial A26
蛋白-共价抑制剂MD体系构建
- tleap
- source leaprc.protein.ff14SB
- set default PBRadii mbondi3
- loadAmberPrep YT1.prepin
- loadAmberParams frcmod1.YT1
- loadAmberParams frcmod2.YT1
- pro = loadPDB 4ZTB-YT1551-pdb2pqr.pdb
- saveamberparm pro pro.prmtop pro.inpcrd
- savepdb pro pro.pdb
- charge pro
- source leaprc.water.opc
- solvatebox pro OPCBOX 12
- addionsrand pro Cl- 15
- saveamberparm pro pro-sol.prmtop pro-sol.inpcrd
- savepdb pro pro-sol.pdb
- quit
检查pro-sol.pdb中共价抑制剂与蛋白的成键是否正确
预平衡等
共价MD只有参数化部分是比较特殊的，后面的预平衡，以及CMD模拟都和非共价一样
可参考非共价体系的MD教程：MD Operation