zhouzhaoyin

zhouzhaoyin @zhouzhaoyin

16 粉丝 11 关注

组织

@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • cluster
    MD 2025-11-05 09:31:12    zhouzhaoyin
  • cluster探索
    2025-10-31 目的是从10 us 的 CMD 轨迹中 聚类拿到 apo 的优势构象，看看 redock 结果是否会好于 apo 晶体结构 75.4 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/cluster_com_top1_redock_suceess 轨迹是75.2 上处理好了后（轨迹处理）。同步到 75.4 根据乐乐老师的指导，先
    MD 2025-11-05 09:31:03    zhouzhaoyin
  • 轨迹处理pbc
    pbc 10exp 2025-9-30 与师姐讨论，将目前库中的22个体系 apo 的平行实验次数增加到10：apo exp4-10 因此需要进行轨迹处理，试验记录如下 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/batch1/pbc_7exp 加载环境 # gmx source ~/.gmx2024.sh # amber exp
    MD 2025-11-05 09:30:48    zhouzhaoyin
  • 22对体系分析
    MD 2025-11-05 09:17:13    zhouzhaoyin
  • d3dock(carp)
    平台部署 172.21.85.23 conda activate rdkit nohup bash /home/databank/database/d3carp/scripts/1-Docking_TP.sh -l /home/databank/ydn/d3carp-docking/workdir/test/JST181.mol2 -t /home/databank/ydn/d3carp-d
    share 2025-11-04 23:35:08    zhouzhaoyin
  • fel
    案例路径 23 /home/databank/zzy/project/usp18/MD_whole/100ns_1025/analysis/fel/noN_rms_gyrate 前言 以下图为例，以本人的理解，FEL本质上是一张二维散点图。这张图中点密集的地方在物理意义上代表低能（下图蓝色），反之，点稀疏处代表高能（下图红色）。FEL中的低能区域往往代表一个蛋白的优势构象，即它在溶液中倾向于以
    share 2025-11-03 20:46:34    zhouzhaoyin
  • 晶体结构口袋复现
    75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/crystal_redock 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/crystal_redock/test3-pymol-align/test-redock-rmsd_cal 2025-10-25 进度： pymol sup
    MD 2025-10-30 16:50:37    zhouzhaoyin
  • apo exp4-10
    2025-9-30 与师姐讨论，将目前库中的22个体系 apo 的平行实验次数增加到10 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/1um_cmd_12A/batch2 # 从库中将tpr 转移到GPU服务器上（75.1 4090 为例） rsync -rzP / tpr 172.21.75.1:/home/data/MD_traj_dataset
    MD 2025-10-29 18:45:28    zhouzhaoyin