轨迹处理pbc
pbc 10exp
2025-9-30 与师姐讨论，将目前库中的22个体系 apo 的平行实验次数增加到10：apo exp4-10
因此需要进行轨迹处理，试验记录如下
- 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/batch1/pbc_7exp
加载环境
- # gmx
- source ~/.gmx2024.sh
- # amber
- export PATH=/home/databank/zyzhou/software/amber24/amber_bin/bin:$PATH
- source /home/databank/zyzhou/software/amber24/amber_bin/amber.sh
- # python包
- conda activate zyzhou
以上已总结，直接
- source /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/env/pbc.sh
即可
轨迹周期性处理脚本 pbc.py 中几个需要注意的参数：
- # 平行实验数目
- 所有的 range 参数 如
- for i in range(1, 11):
- print(f"\nProcessing trajectory {i}/10")
对于本次实验，对脚本的修改
- # 之前的脚本是默认一起处理apo和complex，这次只有apo 多跑了平行实验，所以只处理apo
- # 画图（rmsd）因为变成10条线，改了展示方法
对输入文件的修改
- # 拓扑文件所在的文件夹之前名字变了（大小写），复制了一份
- # 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/sys_md_parameters/batch1
- for dir in */; do new_name=$(echo "${dir%/}" | sed 's/^\([^_]*\)_/\L\1_/'); cp -r "$dir" "$new_name"; done
测试脚本
在脚本 pbc.py 的100行（第一次gmx 对原始轨迹去水，pbc mol ）之后加入
- "-e", "1000"
使得脚本运行的速度大大提升，由此debug
debug 完成的版本（2025-10-29 20：09）
执行脚本
测试通过后即可正式提交任务
命令模板：
- python pbc.py -a 3kr9_A_pair5 -c 3ku1_A_pair5
batch1
- # 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/batch1/pbc_apo_10exp
batch2
- # 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/batch2/pbc_apo_10exp
batch3
- # 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/batch3/pbc_apo_10exp
batch4
- # 75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/batch4/pbc_apo_10exp
特殊记录
4HTZ体系：有两个离子，要注意为它制作index