晶体结构口袋复现

75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/crystal_redock
75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/crystal_redock/test3-pymol-align/test-redock-rmsd_cal

1. pymol super 将 apo构象叠合至complex，从而便于redock;
2. rdkit 计算配体间rmsd（非常准确！）

1. 完成glide SP/XP/smina 三种方法的redock 与 rmsd计算
2. 结果待分析并发给师姐（可待29号与师姐线下讨论）

glide redock

24 /home/databank/zzy/project/MD/glide-redock-d3pm

受体文件准备

# obabel 实测下来会有部分配体的转换存在问题（残基名称不一致）,使用rdkit可以保证转换的稳定
python sdf_to_pdb_resname.py ../../data/com_crystal/${lig_name}*.sdf ${lig_name}.pdb

grep HETATM 1nvq-lig.pdb >lig.pdb
cat 1nvq_A-pdb2pqr.pdb lig.pdb >complex.pdb

# 85.24 /home/databank/zzy/project/MD/glide-redock-d3pm/gridbox/no_prepwizard
source ~/zzy/env/zzy.sh
# pdb转mae
$SCHRODINGER/utilities/structconvert complex.pdb complex.mae

24 /home/databank/zzy/project/MD/glide-redock-d3pm/gridbox/prepwizard
# 10-27 20:06 任务进行中
$SCHRODINGER/utilities/prepwizard -rehtreat -disulfides -fillsidechains -fillloops complex-lig_${i}.pdb com_lig_${i}.maegz

generate_glide_grid

$SCHRODINGER/utilities/generate_glide_grids grid_info.csv

redock

$SCHRODINGER/glide docking.in

配体RMSD计算

24 /home/databank/zzy/project/MD/glide-redock-d3pm/redock/test4

• glide 对接的结果maegz文件转sdf
• obabel 将构象拆分为一个个单独的sdf
• 分别计算每个构象与晶体构象间的rmsd

# 需要index，non_aligned_rmsd.py以及对接完成的结果文件
bash rmsd_cal.sh

• 将rmsd最小的结果整理出来

# complex
for i in {1..22};do best_rmsd=`awk -F ',' -v var=system$i -v OFS='\t' '$1==var{print $6}' glide_non_aligned_rmsd_results.csv|sort -g|head -n1`;awk -F ',' -v var=system$i -v OFS='\t' '$1==var{print $1,$4,$5,$6}' glide_non_aligned_rmsd_results.csv|grep $best_rmsd >>best_complex.txt;done


# apo
for i in {1..22};do best_rmsd=`awk -F ',' -v var=system$i -v OFS='\t' '$1==var{print $7}' glide_non_aligned_rmsd_results.csv|sort -g|head -n1`;awk -F ',' -v var=system$i -v OFS='\t' '$1==var{print $1,$4,$5,$7}' glide_non_aligned_rmsd_results.csv|grep $best_rmsd >>best_apo.txt;done

• 将complex 每个体系复现  结果最好的构象 整理，便于pymol中检查

mkdir best_fit_complex
for i in {1..22};do best_rmsd=`awk -F ',' -v var=system$i -v OFS='\t' '$1==var{print $6}' smina_redock_rmsd_results.csv|sort -g|head -n1`;conf=`awk -F ',' -v var=system$i '$1==var{print $5,$6}' smina_redock_rmsd_results.csv|grep $best_rmsd|awk '{print $1}'|head -n1|sed 's/conf//g'`;cp system$i/com${i}*conf_${conf}.sdf best_fit_complex/;done

top1 构象rmsd check

24 /home/databank/zzy/project/MD/glide-redock-d3pm/redock/top1
75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/crystal_redock/test3-pymol-align/smina_conf1_rmsd.txt

75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/sys_md_parameters/

蛋白叠合

pymol 蛋白叠合

75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/crystal_redock/pymol-align

cpptraj-效果不佳

75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/crystal_redock/md_auto_input/apo_align_cpptraj


# 在确保两个蛋白序列一致的情况下 do.sh 可以正确叠合

75.2 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/crystal_redock/md_auto_input/tleap
# 计划删除B链 280位的氨基酸，手动写成ALA（与A链一致）用tleap补齐

cpptraj << EOF
parm ../COM
reference ../COM [ref]
trajin ../APO
rms initial_fit ref [ref] @N,CA,C,O
rms core_fit ref [ref] :1-50&@N,CA,C,O nofit out rmsd_pkt.dat
trajout RESULT
run
EOF

1. 一组结构中的蛋白原子序列需要一致（尽可能每一个原子都能保持一致）
2. 需要校对，配体的序号是否正确，这决定了口袋周围原子的Index是否正确
3. 叠合模式 是直接对口袋原子进行叠合，还是先对蛋白整体进行主链叠合再口袋叠合

1. 撇开apo的叠合问题，complex本身的复现结果就很差，pymol人工看着跟晶体结构差距不小
2. 自动计算rmsd以定量评估复现效果的这部分代码尚未完成

17：36 
# 测试路径 /home/databank/MD_traj_dataset/D3PM/analysis/crystal_redock/test2/redock


# 用 com-dry.pdb 非MOL 做对接受体
# 用 com-dry.pdb MOL 做对接配体