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  • high heat thicken sauce
    读两位老师推荐过，可以参考思路的文章 理框架，看生物实验怎么做，跟老师们讨论，找人测 补实验 文献学习
    HSBD 2024-11-26 09:30:53    zhouzhaoyin
  • Slow progress
    HSBD 2024-11-26 09:18:42    zhouzhaoyin
  • 性能测试
    速度测试 该部分只考虑速度，performance是唯一评判标准 1）与GMX标准REMD相比，vsREMD_GPU的耗时 测试方案：准备3个不同大小体系，6副本，各副本1ns，测试性能，尝试交换频率设置为50（-replex 50），温度300-450K 测试硬件：4090，4块4090，64CPU 测试软件：GMX-2022.5-GPU，vsREMD_GPU_wang, vsREMD_GPU_
    MD 2024-11-12 09:41:37    zhouzhaoyin
  • 2024-11-05 23gmx 重装
    lywu: 安装，编译的时候，指令集会影响速度 编译 tar xvf gromacs-2022.5.tar.gz cd gromacs-2022.5 mkdir build cd build ### 编译 export PATH=/home/databank/software/gcc/gcc1220/bin/:$PATH export LD_LIBRARA_PATH=/ho
    MD 2024-11-08 10:05:59    zhouzhaoyin
  • vsREMD GPU
    0830 测试所需文件存放路径：172.21.75.1 /home/dddc/zjhan/vsREMD-GPU/file/6replica 调用GPU的命令 1. 命令行输入（优先级最高） # 若只指定一个GPU，GMX自带的-gpu_id 将无法调用其他GPU export CUDA_VISIBLE_DEVICES=1 # 若指定多个，GMX自带的-gpu_id 只能调用指定的这部分
    MD 2024-11-06 19:36:36    zhouzhaoyin
  • 复合物MD
    配体准备 # 22224 # 172.21.85.24 # 使用薛定谔优化结构（图形化界面操作） # pH = 8.0，手性从3D结构定（晶体结构），力场为2017版的默认力场OPLS3 # 高斯优化 # 原始文件 /home/databank/lywu/trypsin/inhibitiors/gaussian_job # 注意检查体系的电荷和自选多重度 antecha
    share 2024-10-27 18:46:53    pengziyu
  • 使用方法
    85.9 # 更改setting里的 工作路径，GPU_ID_LIST，COMBINE_TRAJ_EVERY_FRAMES，TOTAL_FRAMES source ~/.gmx2022.5-remd.sh export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2 nohup python start.py & 75.1 # 调用gmx2022 + cpptraj.OMP
    MD 2024-10-24 16:16:21    zhouzhaoyin
  • cpptraj Install&Usage
    85.23 : /home/dddc/zzy/software/cpptraj_20240813/cpptraj-master wget https://github.com/Amber-MD/cpptraj/archive/refs/heads/master.zip ./configure -openmp gnu -nomathlib make install vi ~/.cpptr
    share 2024-10-24 15:02:23    zhouzhaoyin