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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • 10.3 record
    2024国庆期间任务提交： 22224 172.21.85.24 任务1： /home/databank/lywu/vsremd_plus/protein-ligand/trypsin-benzamidine/test/vsremd/replex200-10ns/loop2 (base) [lywu@localhost loop2]$ nohup mpirun -np 100 gmx_mpi
    MD 2024-10-04 18:14:06    zhouzhaoyin
  • 9.29 周报
    上周发现Trypsin-benzamidine体系在rate 0.02 ,k=1250时，cv-时间曲线有一个平台期（图1）。 组会上，老师建议进一步测试1000-1500中间的力常数，看平台期是否在某一个区间内稳定存在，师姐建议我三次平行测试。 图1：9.22周报中的测
    MD 2024-09-29 16:38:02    zhouzhaoyin
  • shell
    D3CARP （local） 适用于要预测多个分子的靶标的情况 # 对接
    share 2024-09-27 09:40:26    zhouzhaoyin
  • Hiv-B409
    背景 koff 数据来源：Relationships between Structure and Interaction Kinetics for HIV-1 Protease Inhibitors | Journal of Medicinal Chemistry (acs.org) 蛋白质晶体结构来源：PDB 1EC1 PH: 7.4 体系参数准备 受体准备 # PDB 1EC1
    MD 2024-09-27 08:47:21    zhouzhaoyin
  • MD 实操小细节
    预平衡体系崩溃 对于那些跑了几十几百步报错的nvt,可以在崩溃步数前结束，再能量最小化，再nvt 离子处理 ter
    MD 2024-09-27 08:40:00    zhouzhaoyin
  • SMD 原理
    GMX-SMD (Pull code) The basic collective pull coordinates are a distance, angle and dihedral angle between centers of mass of groups atoms, the so-called “pull groups”. 由于 pull code 里往往会设置 pull_coo
    MD 2024-09-25 15:17:37    zhouzhaoyin
  • 9.24
    交平行测试（初始速度随机） trpysin-31 选择一批新的初始构象（靠近解离构象的）给leyun,提交vsREMD test 从 SMD 中 流程化选择vsREMD 初始构象 流程化选择vsREMD 初始构象的思路： 对SMD轨迹进行聚类 9.23 组会上朱老师的建议：SMD可以用尽可能慢的速度牵引 9.24 师姐的建议：每次测试平行三次 记录 trypsin-benzam
    MD 2024-09-25 14:19:17    zhouzhaoyin
  • 0922 SMD 参数测试
    /home/databank/zzy/project/MD/koff/smd/cv-res_bb-mol-restbb-0918/trypsin-benzamidine/0922 测试一下 pull_coord1_rate ；pull_coord1_k 两个参数 根据文献中的图， 做一个类似的图出来 /home/databank/zzy/project/MD/koff/smd/cv-res
    MD 2024-09-24 13:58:00    zhouzhaoyin