性能测试

速度测试

体系准备

# /home/data/zzy/koff/gmx-test/sys
# 每个体系都是6个副本（副本之间初始构象一样），一摸一样的温度梯度


# 准备mdp文件
# /home/data/zzy/koff/gmx-test/sys/mdp
for a in {0..5};do b=$((a + 1));c=`sed -n "${b}p" ../temp`;sed "s/+++/$c/g" ../run_template.mdp >md${a}.mdp;done


# 生成tpr
bash do.sh
################# "do.sh" 12L, 179B #########################################################
for i in `cat index`
do
cd $i
for b in {0..5}
do
a=$((b + 1))
mkdir md${a}
gmx_mpi grompp -f ../mdp/md${b}.mdp -c npt.gro -p gmx.top -o md${a}/md.tpr -maxwarn 1
done
cd ../
done
#############################################################################################

remd

4090 /home/data/zzy/koff/gmx-test/performance_speed/remd
# 把体系复制过来
cp ../../sys/index ./
for i in `cat index`;do cp -r ../../sys/$i ./;done
rm */*


cp ../../sys-replex1000/index ./
for i in `cat index`;do cp -r ../../sys-replex1000/$i ./;done
rm */*




# 调用2022版本gmx (remd)
source ~/.gmx-2022.5-GPU.sh


# 调用openmpi
export PATH=/home/data/zzy/software/openmpi/openmpi-5.0.5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/data/zzy/software/openmpi/openmpi-5.0.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH


# 2024-11-07 空着 3块GPU，留一块给锦添师姐
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=2,3
export OMP_NUM_THREADS=8


# 测试参数：1ns / -replex 50 或者 1000 / 6个进程 / 6N个线程 
######## "remd.sh" 5L, 121B ################################################################
for i in `cat index`
do
cd $i
# mpirun -np 6 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 md2 md3 md4 md5 md6 -replex 50
mpirun -np 6 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 md2 md3 md4 md5 md6 -replex 50 -ntomp 6
done
###########################################################################################
GROMACS (2019.3 GPU版) 并行效率测试及调试思路 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社


dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/koff/gmx-test/performance_speed/remd-test2-replex1000$ nohup sh remd.sh &
[1] 1325340

11.8 GPU-REMD速度测试

172.21.75.1 /home/data/zzy/koff/gmx-test/performance_speed/remd-test3-replex1000
测试参数：
模拟时间：500ps （1ns 高温副本体系崩溃了）
尝试交换的步数（-replex):1000
副本数：6
温度梯度：300.00, 326.39, 355.41, 386.27, 420.23, 450.00
提交任务的命令：mpirun -np 6 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 md2 md3 md4 md5 md6 -replex 1000 -ntomp 8
测试结果：



# 提交任务的命令有问题，测试不同命令效果：
1.
mpirun -np 6 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 md2 md3 md4 md5 md6 -replex 1000