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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • 1.8 traj-ana-mmgbsa
    3cl 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/analysis/mmgbsa/ 轨迹处理 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/analysis/periodic-processing # 原始轨迹是从4090 scp 过来的，前6个跑
    HSBD 2025-01-11 11:03:12    zhouzhaoyin
  • install 4090 gmx
    gmx-install 172.21.75.1 GPU4090 /home/dddc/zzy/software 安装openmpi conda create -n openmpi python=3.8 openmpi conda activate openmpi 安装cmake linux下cmake安装配置_linux cmake配置全局-CSDN博客 cd /home/
    MD 2025-01-10 10:45:41    zhouzhaoyin
  • 1226 HSP90 SMD
    概述 # CV设置为关键氨基酸的主链 # 对蛋白主链施加位置限制 85.24 /home/databank/zzy/project/MD/koff/smd/cv-res_bb-mol-restbb-0918 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hsp90/test1/2uwd/test1 CV /home/databank_
    MD 2025-01-08 14:59:43    zhouzhaoyin
  • 1.7 constant smd
    4090 /home/data/zzy/koff/smd/hsp90/constant-force-test/5sys/test k 可以设置成负的 4090 /home/data/zzy/koff/smd/hsp90/constant-force-test/k_diff/100 dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/koff/smd/hsp90/constant-fo
    MD 2025-01-08 10:11:03    zhouzhaoyin
  • 12.19-26 MD pre （3CL）
    蛋白准备 整理了一下13个化合物打分，发现打分最高的3CL受体是 3C_like_proteinase+Dimer+6Y2G，PL是 Papain-like_proteinase+Trimer+6W9C 12月初，对原花青素与白桦脂酸进行了CMD 模拟。当时用的受体如下图所示 本次重新准备，全部选用晶体结构-D3Docking的原始pdb文件-pdb2pqr 85.23 /home/data
    HSBD 2025-01-07 16:15:02    zhouzhaoyin
  • 2025-1-2 PL 调研
    zyzhou: 师兄新年好，前两天和老师们讨论了一下，这份报告中的化合物都是来源于中药的天然产物，所以活性都不咋高是合理的。老师们建议把mol6,mol7,mol11这三个化合物的IC50测出来，师兄您看看是否能安排实验，是否需要我们再次送样呢？ 91433-17-9：草果 为中药草果里的成分 本地etcm数据： # 85.3 /home/yqyang/zzy/hsbd/np/t
    HSBD 2025-01-06 09:35:40    zhouzhaoyin
  • 1.4 HSP90 koff exp data analysis
    参考文献： Comparative binding energy analysis for binding affinity and target selectivity prediction - PubMed Prediction of Drug–Target Binding Kinetics by Comparative Binding Energy Analysis - PMC
    MD 2025-01-04 10:41:35    zhouzhaoyin
  • HSP90 alpha vsREMD
    根据1月2号的讨论，做两个体系：一个是heliex 的apo，一个是 loop 的apo，副本的初始构象之间无差异。放在服务器上跑500ns，看最后能不能收敛。 初始结构选择 在UniProt上查找 P07900 · HS90A_HUMAN（732aa ），把structure 数据复制到exce表里，用于根据分辨率排序并看氨基酸序列位置（大多是1-239aa这个区间，有不少缺失片段） PDB
    MD 2025-01-03 18:29:56    zhouzhaoyin