zhouzhaoyin

zhouzhaoyin @zhouzhaoyin

16 粉丝 11 关注

组织

@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • plan/thought
    plan Fmax与结合自由能ΔG的相关性。 kd 和koff 有相关性 把公式 原理推导一下 所有体系都做，多进行一些文献调研 thought CV的选择（文献调研） Umbrella Sampling 为PMF计算提供参考？
    MD 2025-01-02 14:53:49    zhouzhaoyin
  • 1230 reply email
    1）虽然8个HSP90体系中的Fmax跟koff无相关性，但是只有5odx和2uwd与koff的相关性不符合预期，剩余的6个体系的average Fmax以及min Fmax与lg（koff的）相关性R2均在0.82以上；(是的） 2）我怀疑CV的选择可能会对Fmax有影响，建议测试不同CV对Fmax的影响；（waiting) 3）Fmax与功Work有线性关系吗，比如5odx体系是否存在Fmax
    MD 2024-12-30 19:53:52    zhouzhaoyin
  • 0918 SMD新流程
    概述 # CV设置为关键氨基酸的主链 # 对蛋白主链施加位置限制 85.24 /home/databank/zzy/project/MD/koff/smd/cv-res_bb-mol-restbb-0918 CV # trypsin 体系 （！！backbone 没有氧原子！！） # Hiv 体系 （！！backbone 没有氧原子！！） SMD # 生
    MD 2024-12-26 21:17:26    zhouzhaoyin
  • cpptraj
    PBC autoimage.sh cpptraj <<EOF parm ../ref.pdb reference ../ref.pdb [refx] trajin ../${i}_trajout.xtc autoimage rms ref [refx] out rmsd-${i}.dat trajout ${i}_autoimage_fit.xtc trajout ${i}_look
    share 2024-12-24 14:59:06    xiachaoyue
  • 12.17 d3targets-results
    完成了16个预计购买化合物的文献调研 补充D3Docking，D3Similarity 结果 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/D3Targets-dock/workdir/3cl-pl-real-allconf-best-pkt/analysis/druglikeness/1217-ref D3DOCKING 85.23 /home/da
    HSBD 2024-12-20 12:47:19    zhouzhaoyin
  • 12.18 discuss with prof
    HSBD 2049个成分与3CL/PLpro对接（D3Targets-D3Docking 多构象）； 挑选打分rank1，且可药性好（excellent）的化合物（200个）聚类，得到48类，取每一类中打分最高的化合物出来； 考虑到可购买性，选择了13个化合物，均已购买，3CL计划送至上中医，PLpro送至藏奕老师组； 两个体系的MD已跑完； 还剩11个化合物，12.18与徐老师讨论后，计
    HSBD 2024-12-20 10:44:10    zhouzhaoyin
  • 12.17 文献调研
    泽泻醇C Alisol C CAS: 30489-27-1 有研究报道，泽泻醇B有显著的抗病毒活性，可抑制ACE2，但作为结构类似物，泽泻醇C完全无活性 Alisol B 23-acetate broadly inhibits coronavirus through blocking virus entry and suppresses proinflammatory T cells respo
    HSBD 2024-12-17 16:32:56    zhouzhaoyin
  • 12.16 MDsystem select10+
    HSBD 2024-12-16 10:01:01    zhouzhaoyin