HSP90 alpha vsREMD

根据1月2号的讨论，做两个体系：一个是heliex 的apo，一个是 loop 的apo，副本的初始构象之间无差异。放在服务器上跑500ns，看最后能不能收敛。

初始结构选择

在UniProt上查找 P07900 · HS90A_HUMAN（732aa ），把structure 数据复制到exce表里，用于根据分辨率排序并看氨基酸序列位置（大多是1-239aa这个区间，有不少缺失片段）
PDB 上限定关键词 apo  P07900 一共就只有6个结果。其他的几百个结构都是复合物，还挺有意思。
明天过来，把几个结构 align 到一起看一下loop 还是heliex。
灰色的 （pdb id: 4w7t) 的构象是第三种-更大的loop区域  
  • 85.24 /home/databank/zzy/project/MD/koff/smd/HSP90/apo-vsremd
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  • # 5J80是目前分辨率最好的构象，口袋区域的heliex/loop区域是 loop
  • # 根据分辨率从好到差寻找 binding site 是 heliex的构象，前8个都是loop，直到第9个才是heliex
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  • # 跟罗姐交流：hsp90 alpha 有三种构象，loop分为open/close两种，上面说的（pdb id: 4w7t) 的构象即是open的，与其相对，大部分都是close的loop

初始构象处理

  • # PDB 上下载 PDB ID：5J80
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  • # 与师姐讨论序列长度的问题：师姐建议去查找文献中对于该domain的定义
  1. Roles of heat-shock protein 90 and its four domains (N, LR, M and C) in calcium oxalate stone-forming processes - PMC fig1:236aa
序列长度是1-236，需要找koff实验中用的那种蛋白（如果实验测的是突变体，就用突变体），补链的问题，目前的晶体结构中1-15，225-236基本都是missing，AF2的结构很不合理且会使盒子大小变大很多，需要组会上与老师们讨论。
  • # pdb2pqr
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  • pdb2pqr30 ../7s9h.pdb 7s9h.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.4 --drop-water --pdb-output 7s9h-pdb2pqr.pdb