12.19-26 MD pre （3CL）

蛋白准备

85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/pro/pdb2pqr
pdb2pqr30  ../d3dock-result-pdb/3C_like_proteinase+Dimer+6Y2G.pdb 3C_like_proteinase+Dimer+6Y2G.pqr  --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.4 --pdb-output 3cl-dimer.pdb
pdb2pqr30  ../d3dock-result-pdb/Papain-like_proteinase+Trimer+6W9C.pdb Papain-like_proteinase+Trimer+6W9C.pqr  --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.4 --pdb-output pl-trimer.pdb

85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol
85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol

生成配体参数

CAS-mol

1. 检查CAS号，与PMS系统中的依次对照，确保一致；
2. puchem根据 CAS号下载3D结构（sdf)，注意这个3D结构也不是特别靠谱PubChem3D - PubChem；
3. 对下载的sdf进行检查，将名字改为CAS号
4. schrodinger2017 ligprep 
5. ligprep结果上传 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/ligand

高斯优化

2. 使用antechamber生成配体小分子参数（85.23）
# /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/ligprep


# ！！！！！！！！！！记得挨个检查电荷哇！！！！！！！
for i in `cat index`;do mkdir $i;cd $i;antechamber -i ../../../ligand/${i}.sdf -fi sdf -o $i.gjf -fo gcrt;sed -i '1,3d' $i.gjf;sed -i '1i %mem=4GB\n%nproc=4\n#B3LYP/6-31G* Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt' $i.gjf;cd ../;done


# 修改 51059-44-0 与 85999-40-2 电荷为-1
# 提交 高斯优化任务
[1]   Running    nohup g16 13040-46-5.gjf &  (wd: /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/ligprep/13040-46-5)
[2]   Running    nohup g16 1486-70-0.gjf &  (wd: /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/ligprep/1486-70-0)
[3]   Running    nohup g16 20633-67-4.gjf &  (wd: /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/ligprep/20633-67-4)
[4]   Running    nohup g16 51059-44-0.gjf &  (wd: /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/ligprep/51059-44-0)
[5]   Running    nohup g16 53846-50-7.gjf &  (wd: /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/ligprep/53846-50-7)
[6]   Running    nohup g16 56083-03-5.gjf &  (wd: /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/ligprep/56083-03-5)
[7]   Running    nohup g16 59870-65-4.gjf &  (wd: /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/ligprep/59870-65-4)
[8]   Running    nohup g16 78574-94-4.gjf &  (wd: /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/ligprep/78574-94-4)
[9]   Running    nohup g16 8049-97-6.gjf &  (wd: /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/ligprep/8049-97-6)
[10]-  Running    nohup g16 85999-40-2.gjf &  (wd: /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/ligprep/85999-40-2)
[11]+  Running    nohup g16 91433-17-9.gjf &

for i in `cat index`;do cd $i;antechamber -i $i.log -fi gout -o $i.prep -fo prepi -c resp;parmchk2 -i $i.prep -f prepi -o $i.frcmod -a y;cd ../;done

复合物体系准备

gv-check

# 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/gv
for i in `cat ../index`;do cp ../ligprep/${i}/NEWPDB.PDB rawg16-${i}.pdb;done
for i in {1..13};do a=`sed -n "${i}p" tcmid-cas|awk '{print $1}'`;b=`sed -n "${i}p" tcmid-cas|awk '{print $2}'`;cp /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/D3Targets-dock/workdir/3cl-pl-real-allconf-best-pkt/md-conf/3C_like_proteinase+Dimer+6Y2G/$a/*sdf ./d3dock-${b}.sdf;done


# 本地 gv
# gv里分别打开 NEWPDB.PDB（rawg16-${i}.pdb） 与 d3dock-${i}.sdf
打开GV tools-atom list-鼠标点击symbol列-rows-sort selected -拖动鼠标选择所有H-edit-delete-selected atoms），接着仍在atom list中，edit-z matrix-standardize，保存。
得到 g16-gv-${i}.pdb dock-${i}-gv.pdb


# GV里 检查 g16-gv-${i}.pdb 与 dock-${i}-gv.pdb，更改 dock-${i}-gv.pdb （atom list - Tag)，使其Tag 与g16-gv.pdb 完全一致,修改后得到 dock-${i}-gv-checked.pdb


# /home/databank_70t/zzy/people/samuel/20241016-t13-5mol-cmd/sys-pre/gv-check
dos2unix *
sh gv-check-lig.sh


#### "gv-check-lig.sh" 6L, 207C #############################################################
for i in `cat index`
do
grep -v "CONECT" g16-gv-${i}.pdb |cut -b 1-26 > symbol-${i}
grep -v "CONECT" dock-${i}-gv-checked.pdb | cut -b 29-78 > coordinate-${i}
paste -d " " symbol-${i} coordinate-${i} > lig-${i}.pdb
done
#############################################################################################

tleap

# /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/tleap
# 23上原本是默认的amber18的tleap,其中无ff19sb力场，需要通过tleap -I 调用conda ambertools下的环境，实操中，会因为有默认的amber18路径，加载参数有Warning，故新建了一个不默认调用amber18的环境 ~/zzy/ff19sb.sh (复制 ~/.bashrc 仅修改了amber18字段）
##########################################################################################
# zyzhou 20241020 remove amber18 and add conda ambertools to source ff19sb
export PATH=/home/dddc/anaconda3/envs/ambertools/bin:$PATH
#source /home/dddc/software/amber18/amber.sh
export LD_LIBRARY_PATH=/home/dddc/anaconda3/envs/ambertools/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
##########################################################################################
# 加载环境
source ~/zzy/ff19sb.sh
# 自动化流程 tleap
nohup sh tleap.sh


# tleap.sh 的具体代码可在工作路径查看
# 有几个注意点


1. tleap.in 最后写个quit，可丝滑推出tleap；
2. make_ndx 需要使用 (echo '1|13'; echo 'q') | gmx_mpi make_ndx -f gromacs.gro -o index.ndx 来确保选中了 1|13
3. 本次13个化合物里，472-15-1；51059-44-0；85999-40-2三个是带1个负电荷的，tleap.in指定加了9个钠离子，其他的10个化合物都是加8个钠离子就够了


4. 本实验中蛋白为二聚体，这种情况下，tleap.sh无法一步到位：蛋白会有system1,system2。他们的itp得分开写。这个时候，每个system里有多少原子要到 [ atoms ]里面去看，这个system的最后一个原子是多少。本次实验中（2024-12-26）该部分内容的操作记录如下，有时间要想办法流程化。
# 85.23 作为备份，没修改，直接在预平衡的工作服务器-85.2 上做了修改
# 85.2 /home/dddc/zzy/project/hsbd/cmd/2024-3cl-13mol/sys-pre/tleap 
# 原来给配体的那个itp 得改成posre3
sed -i 's/posre2/posre3/g' */gmx/topol.top
for i in `cat ../index`;do mv $i/gmx/posre2.itp $i/gmx/posre3.itp;done
# 每个体系蛋白两条链是一样的，所以统一制作posre1.itp posre2.itp
# top的[ atoms ]里面去看，system1是4608,system2是4613,加起来和protein 这个组（9239）相等
# 85.2 /home/dddc/zzy/project/hsbd/cmd/2024-3cl-13mol/sys-pre/tleap/itp 手动改一下


# 注意！每个top文件插入的位置不同，写了个小脚本进行了文本插入
####################### "do.sh" 7L, 267B ##################################################
for i in `cat ../index`
do
cd $i/ gmx
protein_itp_site=$(grep -n -B3 "system2" topol.top | head -n 1 | awk -F '-' '{print $1}')
sed -i "${protein_itp_site} a ; Include Position restraint file\n#ifdef  POSRES\n#include \"posre1.itp\"\n#endif" topol.top
cd ../../
done
###########################################################################################


# 最后，对得到的体系进行检查
# 检查电荷
grep unperturbed */leap.log
！！！！将com-dry.pdb下载下来检查！！！！

体系平衡

# 172.21.85.2 /home/dddc/zzy/project/hsbd/cmd/2024-3cl-13mol/pre-bal
# min-nvt-npt.sh 在mdp文件合适的情况下仅需要修改工作路径，就可以自动完成所有体系的预平衡
# mdp文件
scp dddc@172.21.75.1:/home/data/zzy/project/hsbd/pre-bal/* ./


dddc@gpu2:~/zzy/project/hsbd/cmd/2024-3cl-13mol/pre-bal$ nohup bash min-nvt-npt.sh &
[1] 2657894

200ns模拟记录

• 13040-46-5 

# 172.21.85.9 /home/databank/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/3cl-dimer/13040-46-5/
source ~/.gmx2022.5-remd.sh


(base) [chpeng@localhost 1]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[1] 213756


(base) [chpeng@localhost 2]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[2] 213791


(base) [chpeng@localhost 3]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[3] 213835


# 已转移至 75.1 /home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/13040-46-5

• 1486-70-0 | 3090

3090 85.2 /home/dddc/zzy/project/hsbd/cmd/2024-3cl-13mol/200ns/1486-70-0
source ~/.gmx-2022.5-remd.sh
dddc@gpu2:~/zzy/project/hsbd/cmd/2024-3cl-13mol/200ns/1486-70-0$ nohup bash 3090-3parallel-cmdexp.sh &
[1] 983643


########################## "3090-3parallel-cmdexp.sh" 17L, 353B ####################
source ~/.gmx-2022.5-remd.sh


mkdir 1 2 3
cd 1
cp ../md.tpr ./
gmx_mpi mdrun -v -deffnm md
echo "####### parallel cmd exp1 finished #########"


cd ../2
cp ../md.tpr ./
gmx_mpi mdrun -v -deffnm md
echo "####### parallel cmd exp2 finished #########"


cd ../3
cp ../md.tpr ./
gmx_mpi mdrun -v -deffnm md
echo "####### parallel cmd exp3 finished #########"
####################################################################################

• 20347-71-1

75.1 /home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/20347-71-1
source ~/.gmx-2022.5-GPU.sh
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2 (一个任务交一块）
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/20347-71-1/1$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[1] 699101
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/20347-71-1/2$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[2] 699627
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/20347-71-1/3$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[3] 699806

• 20633-67-4 | 4090

75.1 /home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/20633-67-4
source ~/.gmx-2022.5-GPU.sh
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2 (一个任务交一块）
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/20633-67-4/1$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[1] 1827376
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/20633-67-4/2$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[2] 1827643
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/20633-67-4/3$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[3] 1827925

• 472-15-1 | v100

85.9 /home/databank/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/3cl-dimer/472-15-1/
(base) [chpeng@localhost 1]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[1] 214837
(base) [chpeng@localhost 2]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[2] 214870
(base) [chpeng@localhost 3]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[3] 214902


# 2025-1-2 已转移至4090 /home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/472-15-1

• 51059-44-0 | 4090

75.1 /home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/51059-44-0
source ~/.gmx-2022.5-GPU.sh
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1,2 (一个任务交一块）
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/51059-44-0/2$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[1] 3047033
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/51059-44-0/3$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[2] 3047128


# 第三任务未记录，但是也跑了

12.31 组会讨论后 朱老师建议跑100ns

100ns模拟记录

• 53846-50-7 | 4090

75.1 /home/data/zzy/project/hsbd/100ns-cmd/53846-50-7

• 56083-03-5 | V100

85.9 /home/databank/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/3cl-dimer/100ns/56083-03-5/

• 59870-65-4 | 4090

# 4090 /home/dddc/zzy/project/hsbd/cmd/2024-3cl-13mol/pre-bal/59870-65-4/md-100ns

• 78574-94-4 | 3090 

source ~/.gmx-2022.5-remd.sh
dddc@gpu2:~/zzy/project/hsbd/cmd/2024-3cl-13mol/100ns/78574-94-4$ nohup bash 3090-3parallel-cmdexp.sh &
[1] 2761257


# 已续跑
# 轨迹已转移至4090

• 8049-97-6 | v100

# 85.9 /home/databank/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/3cl-dimer/100ns/8049-97-6


# 轨迹已转移至4090

• 85999-40-2 | 4090

# 4090 /home/dddc/zzy/project/hsbd/cmd/2024-3cl-13mol/pre-bal/85999-40-2/md-100ns

• 91433-17-9 | v100

# 85.9 /home/databank/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/3cl-dimer/100ns/
# 轨迹已转移至4090